相比旧系统，新系统的升级包括七个系统的升级完善，2种税控设备（税控盘版、金税盘版）底层应用的改造。
企业使用内置税务数字证书的金税盘或税控盘均可加密开具增值税发票，一般纳税人和小规模纳税人可自愿选择使用金税盘或税控盘。
需要提醒企业的是，新系统开发票要在互联网连接状态下使用，这样可自动上传已开具的发票明细数据。如果网络断了怎么办？如果在税务机关设定的离线开票时限和离线开具发票总金额范围内仍可开票，超限将无法开具发票。这个时限为48小时，金额范围则是“单份最高开票限额×5”。
超过限定仍未上传数据的，将无法开具发票。此外，企业还要注意，在纳税申报期内，将上月开具发票汇总情况通过新系统进行网络报税，或到税务机关办税服务厅报税。
企业要去窗口办理新系统
按照计划，新系统推行将分为存量户、新增户、营改增户三个部分。根据对象不同，厦门国税采取分散推行和集中推行相结合的方式。
具体来说，没有使用过税控系统的，需要前往主管国税机关进行新户受理，如果已经使用税控系统，则需要企业直接带电脑前往税务机关完成升级，或者在税务部门的培训和引导下完成。
值得一提的是，企业以旧换新的方式更换税控设备的费用，可凭更换增值税税控系统专用设备取得的增值税专用发票，在增值税应纳税额中全额抵减。以后年度缴纳的技术维护费可凭技术维护服务单位开具的技术维护费发票，在增值税应纳税额中全额抵减。
