逾期不办理清算或将被查
房地产企业到底该什么时候清算呢？按照新《办法》规定，房地产项目全部竣工、完成销售的；整体转让未竣工决算房地产项目的；直接转让土地使用权的，应当在90日内至主管税务机关办理清算申报。
如果有的房地产企业没有主动申报清算呢？主管税务机关会在企业拿到预售许可证后，实地了解房地产项目的销售情况，跟踪销售进度，并根据房地产项目的竣工结算、项目验收等情况，及时评估房地产项目是否符合清算条件。确定需要清算的，在3个月内下达《厦门市土地增值税清算通知书》，企业应在收到通知90日内办理清算申报。
逾期未办理的房地产企业，不但面临滞纳金，还会收到一份《税务事项通知书》，责令企业在30日内办理清算申报，逾期仍未申报，同时主管税务机关分析后认为纳税人涉嫌偷税或其收入、成本费用有重大嫌疑导致税负有明显偏低的，按照现行程序移交稽查部门进行检查。
低价房或按评估价格征税以后，想托关系拿到低价房也行不通了，因为对于成交价格明显偏低的，地税部门会要求房企提供书面说明。低于房地产评估价格，又无正当理由的，按照房地产评估价格计算征收。
即使房企将房子用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，也将按照该企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定，或者由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格确定。
只有当房企将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税。此外，当房企建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税。
此外，房企买地的成本，包括因容积率调整等原因补缴的土地出让金；房地产开发成本，包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用等成本，都可以进行土地增值税扣除项目。
房地产企业要准确核算各种扣除项目，一旦地税部门发现清算资料不符合要求或不实的，会参照厦门市建设管理部门公布的造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除，即“核定征收”。
