【第一阶段】
将耗时18个月，先施工南侧新建站台、站房部分。
【第二阶段】
再用18个月，从2014年6月至2015年年底，其间全站封闭停办客运，全面改造施工,新建北站房及所有配套工程。
台海网12月28日讯 据厦门日报报道，国家重点建设工程，省、市重点民生工程的厦门火车站改扩建工程，计划于29日启动第一阶段建设。作为“站改两部曲”的第一阶段，在未来的18个月内，厦门火车站将先施工南侧新建站台、站房部分，厦门站的客运秩序将不受影响。
厦门火车站承担全市铁路客运主要任务，但由于服役时间长站房规模小、设备老化等原因，已经不适应发展需求。在铁道部，省委、省政府，市委、市政府的高度重视下，站改前期准备自2006年启动，今年2月确定方案，随后进入诸如征地拆迁、基坑开挖等前期准备工作。目前，已具备启动第一阶段建设的条件。
厦门铁路建设指挥部介绍，与前一段时间公布的“三个阶段”不同，目前方案已经修改成“两步走”。其中，第一阶段将耗时18个月，先施工南侧新建站台、站房部分；第二阶段再用18个月，从2014年6月至2015年年底，其间全站封闭停办客运（届时，普速客车到高崎站过渡，动车到厦门北站过渡），全面改造施工既有的站台股道和高架候车室、北侧站房、完成新建北站房及所有配套工程。
3年后，经过“站改两部曲”的厦门站，主站房总建筑面积2.76万平方米，分南北两个站房（即将开展的第一阶段即是建设南站房等内容），旅客候车面积是目前的5倍，双层设计高进低出，旅客进出模式与目前机场、厦门北站模式相同，设计标准为小时最高峰聚集人数4000人。站场规模由现在的3站台5股道扩大至5站台9股道，列车接待能力大幅提升。
与此同时，厦门站也将拥有南、北两个广场，现有的北广场改造后占地面积1.4万平方米，新增的南广场占地面积3.2万平方米。南、北广场形成集铁路、长途汽车、出租车、公交和社会车辆等为一体的城市综合交通枢纽中心。
第一阶段内，将动工部分市政道路工程，比如市民高度关注的金榜路改造。据悉，站改配套的市政道路有6条:新建站平一路、站垂一路、站垂二路、站垂三路（预留）、站垂四路，改造金榜路。在具体功能方面，6条道路将使车站南北两侧道路形成网络，分解厦禾路压力，使东浦路与金榜路、文曾路和文屏路形成小循环。
