文昌鱼是厦门的一大特产，但人类过于贪婪的捕捞，让这种“活化石”的数量急剧减少。1991年9月，厦门市政府批准建立厦门文昌鱼市级自然保护区，对文昌鱼的保护从此走上了规范化的轨道。
美国教授最早报道厦门文昌鱼
厦门自古就是文昌鱼的主要产地之一。最早报道厦门文昌鱼的是在厦门大学任教的美国人Light,S.F.教授，1923年他在《Science（科学）》杂志发表了“在厦门大学附近的文昌鱼渔业”的文章，引起国际生物界的震动。
厦门刘五店海域曾以盛产文昌鱼而著名，一度形成国内外最重要的渔场，上世纪五六十年代，年产量可达数十吨。
然而，由于七八十年代的大面积滩涂围垦，近海污染和酷渔滥捕等因素，加剧了文昌鱼生存环境的恶化，使这一著名的文昌鱼渔场失去生产能力，产地的资源日益枯竭，尤其是在刘五店，文昌鱼已处于濒危状态。
文昌鱼实现人工繁育
主产地刘五店的文昌鱼数量锐减，但所幸的是，在厦门的黄厝和小嶝岛海区又发现了文昌鱼的栖息地，这表明厦门仍然是我国文昌鱼的重要产地。为了保护和合理利用这一珍稀海洋生物资源，厦门文昌鱼被国家列为二级保护的水生野生动物，保护工作也提上了市政府议事日程。
1991年9月，厦门市政府批准建立厦门文昌鱼市级自然保护区，保护区范围包括翔安的鳄鱼屿、小嶝岛、东部海域的南线至十八线以及岛内海域的黄厝，总面积7000公顷。
厦门海洋珍稀物种保护区管理办公室副主任陈炳煜告诉记者，此后，市政府又颁布了《厦门市文昌鱼自然保护区管理办法》，经过多年努力，2005年，厦门市水产研究所成功突破文昌鱼人工繁殖批量生产技术难关。目前，厦门文昌鱼已可进行完全人工繁育，并多次向保护区海域实施资源人工增殖放流。
物种保护实现一体化
陈炳煜介绍，继文昌鱼保护区后，1997年8月，厦门又成立了面积5500公顷的中华白海豚省级自然保护区，2000年4月，经国务院批准，厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区正式成立，文昌鱼和白海豚保护区合而为一，并升格为国家级。
目前，保护区投资约885万元在火烧屿上修建了建筑面积达1600平方米的濒危物种保护中心。该中心集科普教育、学术交流、物种救护和科研等功能于一体，是厦门保护、宣传、研究和救助中华白海豚、文昌鱼等海洋珍稀物种的基地与技术合作平台。中心一期建设已经完成，正在启动建设海豚康复池、繁育池等救助和繁育的基础设施，预计今年年底可以建成投入使用。
