在论文中，他们追踪了这41名确诊病例的病史，其中有13名病例与华南海鲜市场无接触史，27人曾到访过海鲜市场。在最早出现的4名感染者中，有3人没有华南海鲜市场暴露史。这一重要信息，为疫源地是否为华南海鲜市场打上了一个问号。
《科学》杂志1月26日发表一篇题为《武汉华南海鲜市场可能并非新型冠状病毒发源地》文章。文中援引美国乔治敦大学传染病专家丹尼尔·卢西（Daniel Lucey）观点：“13个人和这个市场没有任何联系。这不是个小数字。”他认为，如果数据真实准确，那么最早的感染可能发生在去年11月。因为在感染和症状出现之间有一段潜伏期。他表示如果是这种情况，新型冠状病毒最初可能源自其他地方，在人群中悄无声息地传播，12月下旬出现华南海鲜批发市场的大量病例。
中国科学院西双版纳热带植物园等机构研究人员以预印本形式发布论文，他们收集了覆盖四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据（截至2月12日），通过对全基因组数据解析后发现，收到的样本包含58种单倍型，可以归纳为五组，包括3个古老的超级传播者单倍型（H1, H3和H13）和2个新的超级传播者单倍型（H56和mv2）。与华南海鲜市场有关联的患者样本单倍型都是H1这一类型或其衍生类型，而H3、H13和H38等更“古老”的单倍型来自华南海鲜市场之外，再次印证了华南海鲜市场的新冠病毒是从其他地方传入的观点。
病毒如何从动物传给人类 过程尚不明确
病毒如何从自然界进入人类社会？中间宿主究竟是什么？病毒是如何传播的？这一过程尚不明确。
中国国家卫健委2月29日发布的《中国—世界卫生组织新型冠状病毒肺炎（COVID-19）联合考察报告》显示，新冠肺炎病毒是一种动物源性病毒，目前的全基因组基因序列系统进化分析结果显示，该病毒与蝙蝠携带SARS样冠状病毒RaTG13株全基因组亲缘关系最近，同源性为96%。蝙蝠似乎是该病毒的自然宿主，但中间宿主尚未查明。
2月7日，华南农业大学曾对外发布消息称，华南农业大学、岭南现代农业科学与技术广东省实验室沈永义教授、肖立华教授等科研人员联合开展的研究表明，穿山甲为新型冠状病毒潜在中间宿主。
2月26日《自然》杂志发布一篇题为《新冠病毒的动物来源说法仍迷雾重重》的文章。文章指出，穿山甲有可能是中间宿主，但从大量的遗传学分析角度尚未找到确凿的证据作支撑。
