在访菲最后一天，杜特尔特按计划访问横滨，登上了日本海上保安厅大型巡视船“伊豆”号，参观海上保安官用高速橡皮艇堵截非法船只，以及用直升机营救溺水者的训练。在观摩训练后的新闻发布会上，杜特尔特表示，“今后(菲律宾)和日方举行联合训练，基本上是没有问题的”。但他话锋一转说：“和美国的话就有问题了。”法新社称，杜特尔特当天还对记者透露，日本首相安倍26日与他会谈时，要求他就批评美国的话做说明。他回应说“那只是一些词语，为什么那么看重它们”。不过杜特尔特说，他随后对安倍重申，华盛顿不公平地向菲提出了人权质疑，把菲律宾当成“拴着链子的狗”。
杜特尔特26日在东京对日本商界领袖表示，他希望美国军队两年内离开菲律宾。美国有线电视新闻网(CNN)称，25日启程访日时，杜特尔特在马尼拉的机场表示，菲美关系结束了。针对杜特尔特访日期间的发言，白宫发言人欧内斯特26日表示，美国尚未听到菲官方任何有关改变两国盟友关系的言论。《菲律宾星报》27日称，美国驻菲大使戈德堡提醒说，在亚太地区，菲律宾仍是美国军事援助的最大受益者，仅2015年该国就接受了6600万美元的军事资助用来购买国防装备。戈德堡说，美菲关系基础“非常强大和坚固”，但杜特尔特针对美国的侮辱和亵渎性言论可能引起两国关系的不确定性。
美国《基督教科学箴言报》27日称，反复无常的杜特尔特和前景不明的跨太平洋伙伴关系协定(TPP)已成为威胁美国总统奥巴马“重返亚太”战略的两大拦路石。日本《朝日新闻》27日称，日本政府特别“厚待”杜特尔特，避免提及受到欧美诟病的菲“人权问题”。在美菲关系冰河期，日本要维系与菲律宾的友谊，扮演调停美菲关系、牵制中国的角色。日本共同社称，早在杜特尔特上台前，日方外交官员就频繁拜会他，邀请他参加活动，为使他成为“亲日总统”进行外交布局。据外务省官员的说法，日本外相岸田文雄25日晚不惜冒雨站在东京料理店门口等候杜特尔特多时，是因为“菲是对华战略的关键，无论如何都要把菲方留在日美阵营里”。但杜特尔特强烈的反美意识“打乱了日本构筑对华包围网的计划”。
此次杜特尔特访日，日本政府还不断引入南海话题。有日本政府官员对日媒透露，杜特尔特访日期间，日菲就尊重南海仲裁案裁决结果达成共识。对此，中国外交部发言人陆慷27日表示，杜特尔特总统访问日本期间作出的公开表态与访华期间表态的精神是总体一致的。我想，准确理解菲律宾政府的立场，还是听一听菲律宾领导人本人的表态更加可信些。陆慷说，当前，在中国与包括菲律宾在内的有关各方共同努力下，南海局势正在朝着缓和、积极的方向发展，有关各方也正在为通过对话协商妥善处理南海问题而共同努力，这是地区绝大多数国家的共同感受和期待。如果还有个别国家抱着一些不切实际的幻想，我们劝他还是趁早丢掉吧。
有美国媒体报道说，杜特尔特访日期间与日本签署了军事和经济协议，此前日本已对菲出售10艘巡逻艇。中国国防部新闻发言人吴谦上校27日回应《环球时报》记者提问时说，“我们一贯主张有关国家之间的军事合作不应针对第三方，不应损害地区和平与稳定。需要指出的是，域外国家不应插手地区事务，要多做地区和平的维护者，而不是搅局者。”
