关于花衬衣为何未经鉴定且辨认时为何很干净，原办案单位称，该衬衣在案发后6天时间内，经过雨水的冲刷及尸体腐败液的侵蚀，提取时已完全丧失原始状态，不具备辨认条件。为辨认方便，办案人员对该衬衣进行了清洗，最终被聂认出。
辩程序
申诉方
办案人员多处程序违法
李树亭出示多份证据称，聂树斌遭遇严重刑讯逼供，被打得不得已才按照办案人员的授意供述并签字。
李树亭称，聂树斌自己曾提及不配合如此口供是因为挨打。且李树亭本月在保定监狱会见了与聂树斌关押在同一监室的纪某，纪称，聂树斌曾向其表示遭刑讯逼供。纪称，聂树斌告诉他，“用旧电话机电是经常的事，用特制的皮管子抽，长时间不许睡觉。不给饭吃，不给水喝，等精神几近崩溃和恍惚的时候，公安人员就让在他们提前写好的讯问笔录上签字。”
纪某问为何不坚持不签字，聂树斌说：“我坚持不下来，坚持下来就在看守所见不到我了，早被他们打死了。”他还托纪某带话，“跟我妈说一声，我是被冤死的。”纪某称，聂树斌身上还有伤，有时提审回来脸是肿的，身上有多处被电话机和高压警棍电过的紫色斑点，“这些都是我亲眼所见。”
李树亭同时称，案卷材料多处签名非聂树斌本人所签，李树亭研究过聂树斌的签名，并与其家属印证过聂的书写习惯：“聂树斌的签名很有特点，他在写‘聂’字时‘耳’字右边一竖会写到底，下面的两个‘又’分别写在这一竖的两边。这个特点，别人伪造不了，并且该签名与聂树斌案侦查卷中聂树斌所有的亲笔签名均为一致。”
李树亭称，聂案一、二审卷宗中至少6处签字涉嫌造假。包括：一审阶段在送达起诉书的笔录上被送达人聂树斌的签名、在送达起诉书笔录之后的送达回证上的签名、一审审判笔录上的签名、一审判决书的送达回证的签名、二审刑事判决书送达回证的签名、执行死刑前验明正身的签名。
李树亭称，《讯问笔录》日期标注混乱，页码涂改严重，《现场笔录》显示警方多人参与现场勘查，却仅有一人签字，也未见证人签字或盖章，且《现场笔录》描述内容与现场平面示意图自相矛盾。
李树亭称，他在卷宗中发现了原办案人员涉嫌变造卷宗材料的证据，《现场笔录》签署日期形成于1994年8月12日，在笔录和现场平面图中，出现了多处“新华路”、“新华西路”的名称，而该路段当时的名称为“石获南路”或“石获公路”。该路段从2001年由于郊区留营乡并入桥西区，民间才有“新华路”的俗称，“因此有理由认为：该《现场笔录》的真正形成日期，应当晚于2001年之后”。
