检察官发现诸多疑点
在对王本余案当年多本卷宗认真仔细研究后，调查组发现，王本余故意杀人案存在一些疑点：
首先是王本余的供述。王本余案发后共有10次供述，除了2次有罪供述，其他8次均指证李彦明杀人。两次有罪供述也存在出入：一次称在红旗卫生院将周小琳骗走，而周小琳的父亲周建刚则称女儿在学校附近失踪；王本余供称作案时小女孩带着一个书包，而周建刚称女儿的书包在学校。另一次供称，他先后拦截过两个女孩没成功，将第三个女孩周小琳带走；侦查机关查找到的一名证人系一名8岁女学生，这名女生仅证明王本余问她“要钱吗”，并未拦截，另一个被拦截的女孩没找到。
其次是强奸的证据。王本余供称在周小琳体内射精，但案发后司法鉴定并没有在周小琳体内、体外及衣物上找到精斑。
再次是李彦明是否有作案时间。王俊和当时的一位邻居作证称，李彦明在案发前已离开包头，故“李彦明不具有作案时间”；另外两名证人则称李彦明系案发后第二天离开，“李彦明有作案时间”。李彦明是否有作案时间，证据间存在矛盾。
最后是王俊的证言有疑点。她指认父亲王本余杀害了周小琳，所作的两份证言引起调查组的注意：一份有她的签名，一份没有她的签名，“王俊当时只有8岁，作证情形是否符合刑事诉讼法的规定？”
王本余被刑拘后，王俊被送到福利院，并且改了名字，长大后离开福利院不知去向。2013年3月，几经周折，调查组找到了已经远嫁福建的王俊。王俊回忆，当天李彦明就在家里，她放学回到家找东西时碰了装尸体的竹筐，竹筐的盖子就打开了一点，她看见里面装着一个与她年龄相仿的女孩，“李彦明当时还大声吼了我！”第二天早上，王本余告诉她李彦明被送走了。
“这证实李彦明有作案时间，也否定了王本余案卷宗中‘李彦明没有作案时间’的证据。”孙威分析道。
为核实李彦明有罪供述情况，北京市检察院二分院委托公安部法医鉴定中心对周小琳伤情形成原因进行鉴定。李彦明坦白周小琳下体伤情是其用手抠形成，而王本余供述称是性交导致。公安部的物证检验意见书证明，会阴部损伤符合钝性物体作用形成，男性性器官单独作用难以形成。
“王本余供述的性侵周小琳的行为，不足以造成其伤情，可以排除王本余的有罪供述。”孙威说。
调查组还到案发地包头市东河区二里半教育巷实地调查，找到了一个至关重要的证人——崔某。崔某证实，案发前一周，他6岁的女儿被住在王本余家的男子(指李彦明)拦截过，自己当时喝了酒打了这个男子。
“王本余的卷宗中，并没有崔某的证言证据，可能他当时并没进入侦查视线。”孙威分析说。
综合全案证据，调查组认为，“李彦明为了报复，将周小琳误认为是崔某之女而杀害。”
“李彦明生性狡猾、手段残忍，具有前科，用假身份证隐姓埋名多年，一直逍遥法外。我们必须担当起法律赋予的职责，查清案件事实，确定真凶，还冤屈者清白，维护公平正义。”孙威说。
杀人罪名终洗清
王本余案也得到内蒙古司法机关高度重视。经过两地沟通协调，2013年7月，在内蒙古服刑18年之久的王本余被释放。
2013年9月，包头中院再审该案。再审判决书载明：再审查明，王本余回家后发现竹筐内放置一具小女孩尸体，遂向李彦明询问原因，李告知为报复小女孩父亲而将小女孩领回来并掐死。
再审认为，原审判决认定王本余犯故意杀人罪和奸淫幼女罪，直接证据仅有王本余的供述，没有客观证据印证，部分间接证据存在瑕疵，不能作为定案依据。检察机关在再审中提交的李彦明供述和公安部物证检验意见书等证据，证明本案不能排除他人作案的可能性。王本余在李彦明告知其杀害周小琳后，仍帮助李彦明抛弃尸体并送李彦明逃离包头，其行为构成包庇罪，且情节严重，依法应予惩处。据此，法院以包庇罪判处王本余有期徒刑三年(刑罚已执行完毕)。
2013年11月，王本余获得国家赔偿150万元。
记者联系到王本余。他告诉记者：“宣布撤销杀人罪名那一刻，我的眼泪一下子就涌了出来。在里面待了近20年，但我始终相信会有清白的这一天。”
42岁入狱，出狱时年近60岁。将近20年牢狱，让王本余不堪回首。对于记者“李彦明杀人后，你为什么不报警？”的问题，他说，李彦明是一个心狠手辣的人，当时威胁他“你敢报警，我就杀了你和你女儿！”说着，李彦明就跪下求他不要报警。“我怕他伤闺女，心想人不是我杀的，即使把我抓住，大不了在里面关两三年，后来才知道哪里是这么回事。都怪我糊涂，不懂法！”
2014年12月，在李彦明杀人案庭审中，王本余出庭作证，与李彦明对质。
