2013年9月11日，针对张曙光的说法，中国科学院学部工作局迅速发表了一份声明，表示在张曙光2007年、2009年两次参选院士过程中，未收到“花钱参评”的相关投诉。中科院还强调，“在此次有关方面的司法调查中”，如查实哪位院士有受贿等违法行为，将严格按照院士章程撤销其院士称号，绝不姑息。
中科院的立场很清楚：希望司法调查能够核实张曙光“花钱参评院士”的说法。
清华大学原校长顾秉林院士说，张曙光参选时，有过一些关于他学术问题的举报信，不止是他，一些院士候选人参选后，告状信也跟着来了，这些信可能反映了真问题，也可能是诬陷信，不能因为一封信就取消一个人的参选资格，但问题是，到底谁来调查核实更具权威？司法部门可以去调查案件，采取各种手段鉴别，但科学院作为一个研究机构，并没有这样的权力。如果让当事人所在的单位调查，又难以使人信服。
他认为，修改和完善院士制度时，应好好考虑这个难题。他还提醒，处理此类事情，要一切以事实为依据，以法律为准绳，不要被舆论“绑架”而轻率得出结论。
中国工程院院士王梦恕与张曙光同在铁路系统，他并不避讳对张曙光参选院士的反对。他向记者表示，他曾一再向原铁道部领导反映，不要再推荐张曙光参评院士，否则会“丢铁道部的人”。曾任铁道部部长的工程院院士傅志寰也反对张曙光评院士。
张曙光后来“避开”工程院，参选科学院院士。王梦恕至少对十几位科学院院士反映过张曙光的问题，“拉了不少反对票”。
如果没有这些反对票，也许张曙光已经成为院士。
要不要取消部门推荐资格
在张曙光参选中，原铁道部的力挺起了巨大作用。我国的院士没有“申报”，而是推选产生，候选人面前有两条路，要么是院士推荐，要么走部门推荐。几位院士可联合推荐一位候选人。国务院各部委、直属机构、办事机构以及解放军四总部，各省、自治区、直辖市，中国科协等也可作为归口初选部门，推荐院士候选人。
顾秉林院士认为，现在应该进行院士推荐制度的改革。“到现在，‘院士’陷入太多的利益纠缠。”他说，一些部委参与，掺杂了许多其他因素。院士主要是学术荣誉，最有推荐权的应是学术界。理论上来说，同行院士推荐最为合适。但其中一个问题是，国外选院士主要看学术水平，我国不仅看学术，还要看道德、看学风。学术之外的东西，推荐人未必清楚，要靠单位去了解。
