中国渔政船“连续两天入侵日本领海”让日本媒体异常愤怒。《读卖新闻》13日以“中国的挑衅太目中无人，不能放过”为题发表社论称，钓鱼岛周边海域的紧张情绪高涨已经不可避免，日本政府要为中国登陆钓鱼岛做好防备，在强化海上保安和警察体制的同时，加紧整备必要的法制。“抑制中国最为有效的是日美同盟。日美两国要和东盟联手，说服中国。”日本时事通讯社称，继利用海洋监视船后，中国政府又开始利用渔政船向日本施加压力，显示对钓鱼岛的主权。文章还称，中国向钓鱼岛海域派遣渔船作为先遣兵的可能性很大。今后视日本的做法，中国对日本的挑衅行动将加剧。报道强调，使用渔船施加压力是中国的传统手法。“1978年4月，200艘中国渔船曾集结在钓鱼岛海域，反复侵入日本领海。依此可以设想受中国政府指使，今后钓鱼岛将会出现大量中国渔船。”
与此同时，日本中央政府和东京都争相购买钓鱼岛的闹剧仍在上演。13日，《朝日新闻》报道称，日本中央政府决定，即使东京都为购买钓鱼岛提出上岛调查的请求，中央政府也不会批准。对此，日本内阁官房长官藤村修称，“政府没有决定禁止东京都上岛调查，政府一直以来的方针是，除了相关人员，不允许任何人登岛。今后东京都提出申请时，政府会根据上岛的必要性及所有者的意向，并综合政府的租借目的，即平稳且安定的维持管理方针，做出判断。”日本NHK电视台13日分析称，中央政府对东京都派人登岛持慎重态度。
东京都知事石原慎太郎13日则宣称，自卫队应驻扎钓鱼岛。针对日本政府将钓鱼岛3岛“国有化”的计划，石原称，“政府啥都没做，说这样的话只是为了聚拢人气”。
