1994年5月，吕清海被调任平顶山市卫东区委副书记、代区长。
这一年，吕清海35岁。
在另外一位神马集团原高级干部的记忆中，初入仕途的吕清海，即表现出“强烈的从政欲望”。
据他回忆，吕清海调任卫东区，先任区委副书记、代区长，转正前，按程序须经卫东区人代会选举。
彼时神马集团的一名总工程师是全国人大代表，同时兼任卫东区人大副主任。
那名知情人回忆，为防止区长选举工作“发生意外”，那段时间，吕清海频繁往那位总工程师的家里跑，“希望给予关照”。
吕清海当选为卫东区区长，并于1997年12月接任卫东区委书记，直到2001年。
在此期间，吕清海先后在清华大学经济管理学院攻读MBA，首都经济贸易大学企业管理专业在职学习，并获管理学硕士学位。
吕在卫东区长和区委书记任上，河南当地媒体形容他为“学者型官员”，“学识渊博，为人低调、踏实”，“也办了很多好事”。
但亦有官员抱怨吕很会花钱。
原神马集团一名工程师介绍，一位卫东区卸任官员曾私下向他抱怨，吕清海上任前，卫东区财政节余1000万，离任后，账面亏空几千万，“也不知道钱花到哪里去了”。
原神马集团的一位老领导告诉记者，他的大学同班同学在河南省政府任秘书长，“2001年前，吕清海曾三番五次找到我，望其引荐。”
这位老领导回忆，吕清海曾先后两次开着车，与他一同去郑州拜访那位秘书长，谈升迁问题。
据这位老领导介绍，该秘书长当面给平顶山市委书记去电话，亲自交代，“有个从神马集团出来、叫吕清海的同志，是卫东区委书记，他表现很不错，有事业心，而且有一定的策划和组织能力，如果有机会，工作上可以给他动一动。”
