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虽然首批学生到校了，但朱清时校长坦言，南科大要走的路还很长，眼下仍有不少困难需要面对。
南科大面临的问题还不少
问题1
现行制度束缚犹存
“南科大真正面临的最深刻的问题是，深圳市委市政府给南科大的定位——参照香港科技大学模式一步到位建成一所高水平研究型大学，但国家过去３０年相关的法律法规，却把我国教育发展的路子定为渐进式的（不可能一步到位）。”朱清时校长坦言，这个问题在他刚来深圳时并没有意识到，而现在已经充分意识到了。
他认为，南科大要想一步到位建成研究型大学，只有一条路：就是请国务院批准南科大作为教改的试点，可以突破一些现行的法律法规，特别是国家的《学位条例》。
问题2
领导机构尚未建立
朱清时认为，第二个急需解决的问题是，南科大的理事会要赶快成立起来。
他说，“理事会领导的南方科大”的办学体制，是市委市政府很早之前就已确定了的。南科大的各种重大事情，都必须要理事会来审议和批准。现在没有理事会，学校有事就不知该找谁了。眼下需要理事会作为一个组织，来管理南科大。
他说，目前，南科大理事会的章程草案已经反复修改后定稿，希望市政府能够尽快通过。
问题3
人才引进政策有待明朗
在人才引进方面，朱清时也坦言，深圳市在南科大人才引进上的相关政策，有待进一步明朗、细化，落实到位。
他说，深圳市政府要求南科大实行全员聘任制，实行年金制，没有养老金。而目前年金制在深圳还没有成熟的经验，这使得不少来南科大的人感觉前途不明。他希望政府有关部门能认真调研一下全国各地的人才引进政策，做好这方面的工作。
