在项目实施过程中，该办紧紧围绕“促进灾后恢复重建工作顺利进行、确保灾后恢复重建不出重大问题”的审计目标，按照“以规划为龙头，以资金为主线，以重大项目为重点，一手抓重大违法犯罪问题的查处，一手抓重大体制机制性障碍和重大管理漏洞的反映”的工作思路，做到了“三个注重”。
一是注重事中防范，积极寻求解决审计发现问题的最佳途径。先后向有关地方政府或主管部门出具审计建议函或审计情况通报共13份，提出整改建议25条，如跟踪审计发现，唐家山堰塞湖后续处置工程由于资金分配管理关系未理顺，开工一个月后资金还没有到位，工程可能因此停工，而汛期即将来临，下游地区度汛安全面临严重威胁，为此审计组及时督促四川省水利厅和绵阳市政府协调解决，避免了工程停工可能造成的后果。
二是注重社会责任，加强与灾区有关单位和社会民众的沟通协调，指定专人与17个重灾县对口联系，动态掌握重灾县和30多个省级部门、中央在川单位灾后重建情况，还与16名人大代表和政协委员座谈，增进与社会各界的交流。
三是注重政策评估，及时为国家宏观决策提供信息。如审计发现的灾后恢复重建规划部分内容亟待修订和完善、灾后恢复重建资金筹集困难缺口大、重建资金统筹不够使用效率不高等7个问题，通过审计署反映后，得到了国务院领导的重要批示。
