然而上述说法却遭到沿线居民的普遍质疑。他们认为目前决策机制下，上海环科院和上海环保局均未必能对磁悬浮电磁污染问题作出科学独立的判断。
电磁辐射会对人身健康产生影响，这已为国际学界所公认。但影响方式、影响程度以及防范办法，却难以得出公论。
磁悬浮对人身所产生影响，取决于电场强度和磁感应强度两项指标。通常而言，电场强度对人体影响较为有限，通常不会超标。争议在于磁感应强度。据有关专家介绍，近年来，大量研究表明人体特别是儿童所处的磁场感应强度大小与健康密切相关。从1973年到1995年,瑞士曾对16岁以下少年儿童进行过一项研究，结果表明，沿200KV至400KV高压输电线500m范围内居住1-25年的所有居民，总共为50万人，肿瘤，特别是儿童白血病的发生与高压电线磁场有直接关系，电磁场强度每高出0.3-0.4μ/T,致病概率就高出3倍之多。
许多国家出台了电磁场磁感应强度标准，其中最为严格的是瑞士，其标准为0.2μ/T。但是，由于电磁场对人体的影响非常复杂，并与其他外部环境及个体差异及作用时间有关，因此磁感应强度并非是衡量电磁场对人体影响的绝对标准。此外，如日本等一些发达国家，已经不存在高压线(通常是深埋地下)等易产生电磁污染的相关设施，因此亦没有制定相关标准。
国家环保总局电磁辐射环境影响审评专家委员会委员赵玉峰教授认为，上海环科院所提“标准限值”为100μ/T一说，实际并不确切，事实上，我国至今并未出台磁感应强度的正式标准。所谓100μ/T的说法，只是1998年国家环保总局在《500kV超高压变电工程电磁辐射影响评价技术规范》中提及，但亦明确表示其并非国家标准。
赵玉峰说，所谓100μ/T不过是国家环保总局搞出的一个“推荐值”。然而在长期实践当中，这一“推荐值”却成为电力部门架设高压线路时依据的“标准”。按这一堪称全球最为宽松的“标准”，人们即使是站在50万伏的高压线底下，磁感应强度亦不会超标。而在磁悬浮项目中，如果将100μ/T作为标准，根本不需要设立防护带，但若采用瑞士的标准，两侧留500米也可能不够。
