吴清基2日到金门参加今年第2次台湾各地教育部门主管会议，会前召开记者会，亲上第一线否认《联合报》的报道。依据马英九元旦文告，2014年高中职学生全面免学费，大部分免试入学。教育部门依此规划12年基础教育实施计划，目前草案规划，免试入学比率占75%，另外25%是特色招生。
吴清基表示，7月29日12年民众基本教育推动会召开委员会议，在“行政院”开会时，大家有不同意见，教育部门尊重各方意见；但会议纪录是，“行政院长”吴敦义裁示，由于入学方式和就学区规划影响层面深远，请教育部门审慎研议，1周内再讨论。
吴清基强调，12年基础教育政策方向没变，“如果维持基测就结案了，何必开会？”
吴清基说，12年基础教育计划草案已经召开200次以上会议，计划草案1大本，方案还未经“行政院”核定前，欢迎各界表示意见，教育部门愿意虚心接受；方案一旦核定，就会到地方宣导。
吴清基指出，计划有28个方案，有些人没看过方案，凭个人对12年基础教育的看法提出意见；例如有人担心依户籍分发学区，事实上并非如此，9年基础教育没有分流，所以初中、小学依学区分发，高中职五专没办法照户籍来分。
吴清基进一步说，台北市、新北市和基隆市是1个学区，“建国”中学提出免试入学名额，北北基学生都可以提申请，不是只有住在建中附近的人才可申请，因此“炒地皮、买房子都没用”。
吴清基说，当天会议很匆忙，来不及充分讨论，教育部门1周内会再报告，会把大家担心的问题清楚说明。教育部门立场仍然维持2014年高中职全面免学费、大部分学生免试入学，他也相信“行政院”会尊重教育部门的专业。
