嘉义县卫生局表示，该县大林镇卫生所是在4月30日接获大林慈济医院通报，指台军中坑营区疑似有多名新兵因感冒症状送医。卫生所随即与台军方联系，进行个案隔离、分发口罩、倡导勤洗手及消毒等防护措施，持续监视营区流行疫情。
截至5月9日，台军中坑营区新兵中有107人就诊，其中17人甲型H1N1流感快筛检验结果为阳性，10人确认感染甲型H1N1流感。台当局“卫生署”稍早通报，有3名新兵感染甲型H1N1流感并发重症，现已有2人康复出院，1人虽仍住院，但无发烧现象，病情稳定。
嘉义县卫生局指出，这梯次台军新兵来自台湾各县市，接种甲型H1N1流感疫苗工作是由台当局“国防部军医局”办理。嘉义县卫生局今年2月曾调拨442剂甲型H1N1流感疫苗提供台军中坑营区接种，疫苗已经使用完毕，由于先前台湾甲型H1N1流感疫情趋缓，因此台军方未再提出提供疫苗需求。
嘉义县卫生局表示，这梯次台军新兵是在4月8日报到入伍，由于卫生局调查这梯次新兵大多数未接种甲型H1N1流感疫苗，因此从今天起派员进入营区，为有意愿注射疫苗的新兵接种，以提升他们对抗甲型H1N1流感的保护力，避免疫情扩散。
