最大批评：在施政上优柔寡断
应当说，马英九是有机会推动台湾社会的大刀阔斧地改革的。但是马英九的施政风格局限了他的作为。马英九本来应当在民意支持最高之时采取有利举措来推动台湾社会的改革，促进台湾经济的发展，然而他未能把握最有利的时机。2008年当选之初，马英九人气高昂，但他小心谨慎，担心得罪各方妨碍他自己连任，因此很多改革举措都打了折扣，甚至出现反复。如在国民党内，对于地方派系的改革就是不够彻底，既想改变，又担心反扑。2012年，马英九在苦战中获得连任，才下定决心作出某些改革，如油电双涨、征收证所税、进口美牛等，然而，在遭到民意的强烈反弹之后，马英九又不得不放弃相关的举措。优柔寡断、政策反复是马英九倍受批评之处。
马英九的一些政策措施甚至还遭到泛蓝阵营支持者的批评。如台湾中学教科书问题，陈水扁任内的课纲在马英九任内得到继续适用，直到2015年初才做了某些微调，调整时机的把握不当加之随后改课纲遭到“台独”势力动员的社会运动强烈反对而难以实施。再如，民进党长期以来针对泛蓝支持者提出的军公教退休福利的“十八趴”问题（闽南语18%之意，指拥有1995年7月1日之前年资的政务官，在退休后可享受18%的养老给付优惠存款利率。该制度近年来已开始改革），马英九采纳了绿营的主张，废除了“十八趴”制度，引起许多泛蓝支持者的不满。此外，马英九还重用了一些绿营出身的政治人物，如任命李登辉的亲信赖幸媛担任台湾方面陆委会主委，也引起泛蓝支持者的不满。
马英九想做“全民总统”，想超越蓝绿来施政，但最后的结果却是绿营不买账，蓝营很失望。
最大败笔：“马王政争”、党内恶斗
长期以来，台湾政坛就盛传“立法院长”王金平与马英九不和：他们一个本省人，一个外省人；一个出身基层，一个出身高层；一个是八面玲珑，一个是正气凛然；他们曾经为了争夺国民党主席之位而相互攻讦；王金平对于马英九施政的相关法案也敷衍了事。2013年9月，马英九亲上火线，召开记者会痛批王金平为民进党“党鞭”柯建铭的司法官司关说，认为“这是台湾民主法治发展最耻辱的一天”，并且亲自主导贯彻党纪，撤销了王金平党籍。然而，王金平却通过司法诉讼确保了“立法院长”的地位，使得马英九未能实现拉下王金平的“立法院长”位置的目的。
在“马王政争”中失算、未能取得胜利的马英九却尝到了党内恶斗带来的苦果。2014年3月，20多名台湾的大学生攻进“立法院”，占领会场，马英九当局试图将责任推给王金平处理，王金平却不愿为马英九当局负责，互相推脱，以至于事件越闹越大，终于发展成为台湾当局不得不妥协的“太阳花学运”。
“马王政争”使得国民党高层长期维系的表面和谐被打破，暴露出了国民党内的大老们面和心不和的本质。高层的政治斗争让国民党和泛蓝的支持者深感失望，“马王政争”耗损了国民党内的团结形象，直接影响了2014年底和2016年初台湾地区的地方和“中央”公职人员选举，导致国民党的选民流失，尤其是青年选民的流失，直至惨败。
