台湾县市“九合一”选后，岛内政治局势发生重大变化，两岸关系既面临着良好的发展机遇，也存在不少挑战。
岛内民众希望继续分享两岸关系和平发展“红利”、希望改善经济民生的愿望强烈。这次选举结果充分反映了岛内民意“重经济民生、轻意识形态”的变化，因不满民进党执政绩效而产生强烈的“反蔡英文、反民进党”民意风潮，希望执政当局能够推动两岸关系发展的呼声升高。在这股民意风潮下，民进党当局干扰阻挠两岸关系发展的做法更加不得民心，选后其不得不面临重新检讨两岸政策的压力。虽然民进党对两岸政策调整的可能性不大，但民意的潮流也将使其在处理两岸关系时不得不有所收敛，其在两岸关系上肆意妄为的空间被进一步缩限。同时，支持“九二共识”、主张两岸关系交流合作的国民党执政更多台湾县市，在两岸关系上对民进党当局的牵制能力随之增强，各当选县市长也表达了希望加大同大陆交流的意愿，这为两岸关系发展提供了更多的条件和机会。展望未来一个时期，两岸关系在经济、社会、文化等领域交流合作将有更大的空间，创造更多和平发展的“红利”，为两岸同胞尤其是台湾同胞谋取更多福祉。
但是也要看到，两岸关系仍面临着许多挑战，存在的变数并不比“九合一”选举前少。蔡英文在败选后一系列公开表态，都自认现行的政策路线“是沿着正确方向的”，叫嚣“继续坚守‘国家主权’”，民进党内更多检讨的是内政问题和人事调整，而没有对两岸路线产生深刻反思。这些都显露出民进党当局还将顽固坚持“台独”立场，缩限两岸交流合作，干扰阻挠两岸同胞的来往，持续煽动岛内民意对大陆的敌视。
同时，岛内各政治势力在“九合一”选后便迅速投入到2020年台湾地区“大选”的备战角逐中，未来一年多各方都将围绕“大选”展开激烈拼杀，政治局势变化日益复杂，都将牵连两岸关系发展。特别是主要政治势力将推举“大选”参选人，由此引发各势力激烈的权力结构调整和内部竞争，给岛内政局和两岸关系增加更多不确定性。
此外，岛内“台独”分裂势力可能在明年制造更大的动静，试图利用2020年“大选”鼓噪民粹，以推动“谋独公投”或图谋修改“公投法”及涉及两岸关系定位的法律等，持续推动“台独”分裂活动。目前集合重多“急独”分子的“喜乐岛联盟”已经蠢蠢欲动，深绿政党“时代力量”也有意利用在“立法院”的能量推动“台独”分裂活动。另外不可忽视的因素，就是美国等外部势力将持续加大干预台湾问题，挺台力度不会减弱，还会以美军舰穿越台湾海峡、图谋泊靠台湾港口等行径，给两岸关系发展制造障碍、增添麻烦。
