1644年，清军入关，较快统一了北方地区，但清政府对南方的统一则经历了整个顺治朝。顺治末年，以福建金门、厦门为根据地的郑成功挥师东进，率领将士赶走了盘踞台湾岛的荷兰殖民者，使台湾地区重新回到祖国的怀抱。
康熙朝时，康熙恩威并施，取得了政治与军事上的胜利，将台湾重新纳入中国版图。清政府之所以能顺利统一台湾，在于顺应历史大势，展现了国家统一不容置疑的决心与力量。
清朝为什么要统一台湾
清朝初期，郑成功从荷兰人手中收复台湾。郑成功在收复台湾之后不久便去世，郑氏子孙偏安一隅，逐渐演变成为割据小政权。
清代台湾及澎湖列岛全图
顺治十八年，顺治帝去世，年幼的康熙继位，开始了康熙时代。随着清军击败了云南等地的反清势力，清廷在战略上开始北瞰南望，关注边疆地区的治理，在南方重点应对台湾郑氏政权，提防郑氏割据势力的骚扰，并试图招安。但康熙十二年爆发了“三藩之乱”，使得清政府经略和统一台湾有所延后。
清政府统一台湾之前，清廷不时遣人招抚郑成功的子孙，未对台湾施展足够压力，故郑氏政权“志得意满，断无输诚向化之念”。面对清政府的统一要求，郑氏政权请求能像琉球、高丽等藩属国一样称臣进贡。可见，避居台湾的郑氏政权，已退化为割据势力，只求政权能够独立。但康熙断然拒绝，认为台湾居民多为福建人的后代，不得与琉球、高丽相提并论。在康熙看来，统一台湾天经地义，不容置疑，绝不能视台湾为朝贡国。
康熙二十年，随着三藩之乱的结束，清政府得以腾出手来解决对其他区域的统一问题。无论是出于历史原因，还是出于现实考虑，清政府统一台湾都已是势所必然。
台湾地处东南沿海，气候温和，四季如春，适合农耕。“野沃土膏，物产利溥，耕桑并耦，鱼盐滋生，满山皆属茂树，遍处俱植修竹。硫磺、水藤、糖蔗、鹿皮，以及一切日用之需，无所不有”。可见，清代台湾地区具有优越的自然条件。但清政府统一台湾，并非出于土地价值，而是认为统一台湾为理所应当，即使台湾“为不毛荒壤，必藉内地挽运，亦断断乎其不可弃”。
“台湾地方，北连吴会，南接粤峤，延袤数千里，山川峻峭，港道纡回，乃江、浙、闽、粤四省之左护”，“沙线风涛，往来利便，遂为直隶、奉天、山东等沿海七省必达之咽喉”，地理位置重要，关系到清代中国整个东南地区的安危。三藩之乱时，郑氏政权派兵袭扰东南沿海，给清政府平定三藩造成了牵制。如果台湾迟迟不能统一，可能为外国所利用。郑成功逝后，“其子有十，迟之数年，长成群强，假有一二机觉才能，收拾党类，结连外国……终为后患”，台湾可能勾结外国，威胁东南沿海。台湾必须在清政府手中，才能够成为沿海海运的要道和节点，成为沿海地区的屏藩。
台湾迟迟不统一，“迁延岁月，虚靡浩费”，严重消耗了清朝的政治和经济实力。清政府为了预防郑氏政权对福建的侵扰，并在经济上孤立台湾，采取了迁界之策，将东南沿海地区的民人迁入相对靠近内地的地方，在靠近海岸线的地方隔离出了一个沿海而蜿蜒的无人区，且在无人区边缘建造边墙，驻扎重兵，以应对威胁。其实，迁界之策是“杀敌一千，自损八百”，不管是清政府还是台湾，都因此造成了严重的经济损失，老百姓也苦不堪言。在郑氏政权拒不降清且不时骚扰东南沿海的大背景下，唯有尽快统一台湾，才能结束这种持续损耗，达到国家的长治久安，即“至是台湾荡平，民再康矣。台湾灭而天下无事，诏息天下兵”。
