1894年10月下旬,日本侵略军开始向中国境内大举进犯。在第一军侵占九连城、丹东的时候,乃木希典所在的第二军也同时从花园口登陆,从背后向大连、旅顺进犯。乃木希典作为这支侵略军的前卫司令官,率部向金州进犯。11月6日,日本侵略军占领金州,不久旅顺、瓦房店、盖平、营口也相继失守。
据史料记载,日军所到之处,对当地居民进行了惨绝人寰的大屠杀。11月下旬,乃木指挥日军进攻旅顺,于11月21日夜发起总攻,到次日午后五时攻下旅顺,清军死四千五百人,伤者无数。不仅如此,乃木放手让日军疯狂大屠杀,持续四天之久,旅顺尸骨成山,血流成河,全城仅有三十六人幸免。而留下的这些中国人,成为为日军抬尸、埋尸的“工具”,整整工作一个月,才将尸体收拢至一处,持续焚烧10余日。
日俄战争爆发后,乃木希典(中)重返军界