台湾疫苗总量不足，截至7月15日疫苗覆盖率仅17%。不少民众等待疫苗望穿秋水。接种预约平台登记太踊跃，还导致系统大宕机。国民党“立委”洪孟楷16日在脸书揭露，依照民进党当局卫生主管部门公布的“特别预算”使用明细，4月底疫苗采购预算仅支出了29.6亿（新台币，下同），到了6月底累积支出67亿元，等于5、6两个月内暴增付出37.4亿，他质疑钱的流向不明。
洪孟楷质疑，5、6月正是台湾疫情最严峻之时，而台湾购买的疫苗数量，到货的只有从covax平台买的阿斯利康（AZ）疫苗41万和莫德纳的80万剂，合计120万剂交货。为何就付出了37.4亿元？“钱，到底花到哪里去。”他指出，钱付超过115亿的一半，到货却不到10%，这样真的合理吗。
洪孟楷说，卫生主管部门应该告诉台湾人，这37.4亿元是全都给岛外厂商吗？还是有给岛内厂商？疫苗单价不能说，但付出的总金额多少钱也不能说吗？这些都是人民的纳税钱，到底还要“黑箱”到什么时候？
国民党“立委”赖士葆则是根据卫生主管部门“新冠肺炎防治及纾困预算统计”发现，截至六月底，民进党当局买疫苗的钱，帐上总共花了67亿元。但实际与现况比对，他推估目前采购的AZ疫苗共0.72亿元；采购莫德纳疫苗共9.6亿元，合计约10亿元。姑且再加10亿元算作是预付款，却也有近40亿至50亿元去向不明，陈时中应交代清楚。
台湾地区“流行疫情指挥中心”副指挥官陈宗彦昨日声称，疫苗采购有保密合约，而采购疫苗也会有先付前期款或分批给付等情况。指挥官陈时中则说，有些疫苗已经到货，有些是付了前期款，也有部分经费用来支付预采购台产疫苗，基本上不会只有10亿元用于购买国际认证疫苗。不过，赖士葆随后致电民进党当局审计主管部门“审计长”陈瑞敏询问此事，应该监督行政主管部门预算执行情形的“审计长”，竟也三缄其口拒绝透露，还强调疫苗采购支付是“机密”。
赖士葆也统计，民进党当局补助疫苗开发的预算编了20亿元左右，“国光”拿了1亿多，“高端”与“联亚”各拿了5亿多元，他合理推测行政主管部门无法交代的这40亿元至50亿元，大部分拿去支付高端与联亚的预付款，可是他们还没通过EUA，民进党当局等于提供近50多亿元给他们周转。
