岛内疫情持续蔓延，蔡英文13日再度召开“国安会议”喊话不要慌，但民进党当局“懈怠、双标、隐瞒”，无论如何也不能让民众安心。
台湾12日新增16例本土确诊病例创新高，13日下午“中央流行疫情指挥中心”刚宣布当天有13例本土病例，其中新北狮子会群聚感染新增9例确诊，晚间又马上宣布接到台北一家医院通报两名住院患者确诊感染。台湾感染症医学会名誉理事长黄立民称，小区的病人多到一定程度才会到医院去，现在台湾最高风险的区域就是台北万华。另外，台北驻印度代表葛葆萱被爆确诊。社会再度爆发“抢购潮”，民众纷纷到超市购买卫生纸、方便食品，甚至连保险套都被抢购一空。13日下午，蔡英文在“总统府”举行“国安高层会议”，会后她发表谈话，先是把疫情升温的原因归咎于“大家防疫警戒心稍微有些松懈”，接着谈到“国安高层会议”的六项重点，包括由“行政院”负起统筹指挥责任，责成及督导当局机关和地方政府严格要求辖区内各场所务必落实各项防疫措施等。她特别透露，台湾从境外订购的疫苗6月后会进入分批交货期，同时岛内疫苗研发已经进入临床实验第二期收尾工作，预计7月底可以开始供应第一波自产疫苗。蔡英文称，这几天股市虽然有短期波动，但是岛内经济基本面良好，金融机构营运稳定，“股市波动主要是受心理影响”，至于近期有一些“假信息”陆续出现，“目的或许是挑动社会情绪，或者是破坏民众对指挥中心的信心”，将追查假信息来源。这是继去年1月22日和1月30日后，蔡英文第三度就疫情议题特别召开“国安会议”。
12日岛内暴增16例本土病例后，北台湾多个县市均传出不明感染源，台北和新北市长都表示已做好防疫警戒进入第三级准备，但台“行政院长”苏贞昌表示不升级。根据台“中央流行疫情指挥中心”的警戒分级，只要一周内有3起群聚或一天确诊10例不明感染源本土病例，就进入三级状态，不仅外出要全程戴口罩，还会停止室内5人以上、户外10人以上聚会，除了秩序维持、必要性服务以及医疗和公务所需之外，其他营业及公共场域都要关闭，也就是大部分商店都得关闭，严重影响民生经济状况。《中国时报》13日称，以此标准，若疫情警戒升到第三级，本周六即将举行的会考必须叫停，冲击很大，民进党当局没有应对配套措施，不敢贸然升级。不过一些县市还是提高了防疫等级，新北市甚至关闭KTV等八大场所。
国民党主席江启臣及前主席朱立伦均高分贝呼吁当局，即刻针对高风险区域扩大筛检，全台即刻加速接种疫苗。岛内专家也支持实施小范围、小区域的普筛，把所有感染的人都找出来，避免疫情二度外泄。但防疫指挥官陈时中仍声称普筛会带来混乱，应用“扩大居家隔离、积极筛检”的方式进行。流行病学专家陈宜民批评称，事实上这波疫情恶化的问题早在母亲节前就应预先处理，母亲节等于是全台人口大移动的时间，陈时中已经慢很多拍。中时电子报回顾称，陈时中面对母亲节的大规模人口移动与群聚，不但没有风险意识及应对措施，反倒拍胸脯保证“外出绝对没问题”，结果假期结束，与华航没有关联的新北狮子会、宜兰游艺场都发生数名确诊案例，疫情陡升。德国之声中文网称，台湾去年起被全球视为“防疫优等生”，疫情期间还打出“Taiwan can help（台湾可以帮忙）”的口号，向多地捐赠医疗口罩。但值得注意的是，台湾去年曾有比利时工程师、日本留学生、日本工程师在台湾长期停留后返国被验出确诊的消息，但台防疫部门对外宣称这些病例的感染源都不在台湾，且岛内从未做过普筛，因此有看法认为，官方通报的感染病例与实际情况恐存在差别。
尤其引发争议的是，陈时中12日终于松口说地方可以买疫苗“自救”，被认为颇有想抽离掌控全局的角色而甩锅自救。台北市长柯文哲为此冷回，“为何不早说？”13日陈时中又进一步说明，只要合法合规药商都可以进口，但现在疫苗是防疫一环，希望还是由当局统筹处理，以免混乱。《联合报》13日发表社论称，从华航群聚感染事件就可看出指挥中心的松懈与疲态，导致疫情逐渐失控，蔡当局却丝毫不在乎。试想，华航机师是出入境最频繁的一群人，陈时中却不断放宽他们的居家检疫期限，从两周减为5天，又减为3天，还不要求他们打疫苗，这不是名副其实的“双标”是什么？联合新闻网13日说， 民进党把主张普筛和“去中国买疫苗”的言论都定位为“认知作战”的一环。换言之，地方政府即使能够买到陆商代理疫苗或大陆研发疫苗，还没接种，就要先被扣上“红帽”，“台湾继续一体笼罩在不时可能暴发的小区感染阴影下”。【环球时报】
