3月18日，已经赋闲在家的赖清德宣布参加2020年地区领导人选举民进党内初选，正式挑战蔡英文，为原本相对简单的绿营选情投下震撼弹。在赖清德公开向蔡英文下战书后，民进党高层才慌了神，迅速成立“五人协调小组”，商讨协调和初选的事宜。也就是说，民进党高层原本没想到除了蔡英文还有别人会参选，蔡英文获得党内提名原本只是时间问题。
半路杀出的赖清德揭穿了“皇帝的新衣”，实际上，赖清德准备参选的消息，几乎只有“新潮流”内部的边缘人马与“独派”知晓，其他派系和“新潮流”主流派别都被排除在外，也正因此，赖清德此举引发岛内各界争议。
赖清德争议频频
“九合一”选举惨败，在赖清德“行政院长”任内发生，他也应当为败选承担责任，绝不可能因为责任小于蔡英文而归于消灭。赖清德下台不到三个月，马上就宣布竞逐更高层级的地区领导人，满口仁义道德却又口腹蜜剑，称之为“当代岳不群”也不为过。台湾《联合报》社论评论道，“如果连严肃的政治信仰都可以如此虚与委蛇，如同变色龙般变来变去，民众如何相信赖清德具有真诚而坚定的政治信仰”？
除了政治理念摇摆不定，抱负大而能力差是赖清德的又一个争议所在。《联合报》批评，“事实上，赖清德不接受按部就班的安排，直接从台南市长跃升‘阁揆’大位，最后只能因败选而怅然求去，这也暴露了他‘意图强过能力’的眼高手低。包括他在‘阁揆’任内的表现，在内政经济上都缺乏具体成绩，外事恐怕更是他脆弱的罩门”。
赖清德的第三个争议，就是不讲政治诚信。他不仅没跟蔡英文讲实话，也没跟所在的“新潮流”讲实话。蓝绿媒体的报道都显示，蔡英文在宣布争取地区领导人连任之前，曾征询党内各个派系的意见，当时“新潮流”的意见是支持蔡英文参选，有的绿媒甚至披露说“新潮流”还向蔡英文保证赖清德“没有要参选”，“新潮流”的核心干部林锡耀甚至加入了蔡英文竞选团队。赖清德宣布参选后，最尴尬的是党内支持而民调低落的蔡英文，其次就是饱受其他派系诟病如今又被蔡英文冷眼的“新潮流”。
“新潮流”反对而“正国会”支持
赖清德刚宣布参选，英系就动员其他派系一起出面支持蔡英文。在英系大将陈明文的串联下，英系、海派、谢系、“正国会”及多位不分区共同出面力挺蔡英文。与此同时，“五人协调小组”成立后，主题几乎只有“要赖清德退选”，但赖清德一直强调要“典范的初选”，摆明了打死不退。民进党台南市党部主委、赖清德的核心干部黄先柱对外说，民进党的领导人初选协调会让情况“变得单纯也说不定”，绿媒《上报》对此的分析是，赖清德阵营相信，“不排除蔡英文决定不连任的可能”。
