蔡当局出资成立的智库由台湾“国防部”出资成立的智库“国防安全研究院”于2018年5月1日正式成立，卸任“国防部长”冯世宽被蔡英文邀请担任董事长，其他董事包括“国安会”副秘书长蔡明彦、陆委会副主委邱垂正、“外交部”次长吴志中以及“国安局副局长”柯承亨等。
继“国防智库”成立之后，今年8月8日，谋划了一年之久的台“亚基金会暨亚洲深耕联盟”又举行了成立仪式。这又是一个什么样的新机构，真的如他们所说的是民间智库吗？
“台亚基金会”（全称“台湾亚洲交流基金会”），是所谓民间协同台当局共同推进“新南向政策”、落实亚洲全方位交流合作的专责机构，董事长由萧新煌担任。该基金会董事包括台“国安会”咨询委员傅栋成、行政机构政务委员邓振中，台湾外事部门、外贸协会也都有董事会席次。显然这是一个以基金会名义成立的台当局智库机构，企图扮演“一轨半”或“二轨”的角色。
“亚洲深耕联盟”由台“亚基金会”发起，一系列“民间组织”组成，即“远景基金会”、“国艺会”、“外贸协会”、中华经济研究院、台湾东协中心、台湾海外援助发展联盟、政治大学东南亚研究中心等。
背景深厚
据官有垣等台湾学者研究，台湾约有两成左右的团体与政党、执政当局有密切的联系，或由当局支持而成立，或经常被动员参与各种政治活动，如参与选举、竞选公职，或接受相关捐资，或是台湾“外交尖兵”，向台行政部门提供咨询意见。
2016年民进党上台后，“远景基金会”董事长由陈唐山接任，赖怡忠、林廷辉出任正副执行长。2018年6月13日民进党召开中常会，邀请该基金会执行长赖怡忠以“川金会(金特会)对东亚局势的战略冲击”为题进行报告。
“国艺会”全称“国家文化艺术基金会”，成立于1996年1月，基金来源主要由“行政院文化建设委员会”依据“国家文化艺术基金会设置条例”捐助新台币60亿元作为本金，另外透过民间捐助加强推动各项业务。现任董事长为林曼丽（民进党陈水扁执政时期为台北故宫博物院院长）。“国艺会”成立的主要目的在于积极辅导、协助与营造有利于文化艺术工作者的展演环境，奖励文化艺术事业，以提升艺文水平。可见，这是一个受台文化部门直接指导管理的机构，协助执行台当局的文化政策。
“外贸协会”，全称“中华民国对外贸易发展协会”，现任董事长黄志芳（前民进党“外交部长）。“外贸协会”为台当局最重要的贸易推广机构，系由“经济部”结合民间工商团体成立之公益性财团法人，以协助业者拓展对外贸易为设立宗旨。
中华经济研究院成立于1981年，创院基金10亿元新台币，主要经费来源为“经建会”及“中美经济社会发展基金”，同时工商界提供1亿元新台币捐助，民间主要捐助者也是中华经济研究院的董事会成员。民进党两次执政，有关部门对中华经济研究院的支持力度增强，委办项目明显增加。2003年9月，由台湾“经济部”与“外交部”等部门共同出资6000万元新台币，在中华经济研究院成立“WTO中心”，主要承担研究、支持与训练等方面的任务，即对特定议题进行前瞻性研究，支持台当局对外谈判和咨商，训练和培养相关人才。2008-2016年中华经济研究院承担起两岸ECFA的研议研究任务。
政大东南亚研究中心于2016年成立，主要经费来源于台“外交”部门。现该中心执行主席为萧新煌，执行长为杨昊。除了整合校内教学与研究资源外，该中心还与日本京都大学东南亚研究所合作，与东南亚各国的东南亚研究中心和智库合作，建立交流网络，同时加入亚洲东南亚研究协会(SEASIA)。此外，该中心也期待整合岛内资源，协助打造台湾东南亚研究中心网络(CSEAS Taiwan)，结合在地非政治组织、社会企业、跨国组织等社会网络与台商，发展大型协力计划，提供台湾东南亚政策规划建议，进一步强化台湾东南亚研究在亚洲东南亚研究社群的国际能见度。2017年12月15日亚洲东南亚研究联盟（the Consortium of Southeast Asian Studies in Asia）于泰国曼谷召开理事会（SEASIA Governing Board Meeting），并通过正式由政大东南亚研究中心接下新的联盟秘书处，为期三年（2018——2020）。政大东南亚研究中心亦争取到‘2019年亚洲东南亚研究大会’主办权。东南亚研究中心、国际关系研究中心与外交部研究设计委员会及国家图书馆，于2018年5月11日共同办理“外交新世代‧深耕新南向”（The NSP Workshop (I) : Regional Perspectives）工作坊。
台湾海外援助发展联盟成立于2004年，由罗慧夫颅颜基金会、至善社会福利基金会、伊甸社会福利基金会等组织共同发起，并于2013年在“内政部”登记立案为社团法人组织，现任董事长为王金英。该组织希望借由本平台促成国际连结，并提升台湾非政府组织在国际援助发展的专业能力。目前有将近30个会员，关注的议题包括医疗、教育、信息、性别平等、紧急救援、小区发展、人口贩卖、人道援助、志工服务等，服务足迹遍及全球。该联盟下属机构会员的经费起码有11%来自台当局的资助，台当局起码承担了该组织海外援助经费的8%以上（据2013年该联盟会员组织能力分析报告）。
