据台湾媒体报道，台北市长柯文哲想要买下“农委会”的持股，却反而被要求释出股份，让柯文哲也开呛，市场改建的200亿元（新台币，下同）都是台北市府出的，却要让给“农委会”经营，有这么好的事吗？还有之前台北市府以“议员索资迟交”的理由，对北农开罚115万，但北农拒缴，还打算要对市府提出行政诉讼，让柯文哲相当不满。
据报道，想到北农的股权问题，柯文哲双手一拍，心中似乎早有盘算，因为前两天北市发函，要向“农委会”买回北农股权，反被“副主委”陈吉仲要求要释出股份，创造“农委会”、北市府、北农三赢，让柯P忍不住开呛。柯文哲说：“批发市场要花145亿改建，还有环南市场55亿，我现在算一算，我们那个批发市场改建要花200亿以上，钱都花我的，我批发市场改好，全部改建完然后给你经营，哪有这么好的事？不然你来出钱好了。”
“农委会副主委”陈吉仲说：“股权的结构，从台北果菜批发市场成立以来就是这样。这时候为什么会产生相关问题，也就是说今天我们回顾，看看吴音宁总经理，她有没有达到我们‘农委会’期许的政策任务？我觉得这可能比所有的人事纷争，或者是政治的角度在看北农经营更重要。”
股权之争造成台当局、市政府互杠。但争议还没完，北市府针对北农总经理吴音宁对“议员索资迟交”开罚115万元。北农回击表示，依照相关规定，提供检查考核的资料，与市场处基于议员索资要求提供数据的目的不同，更强调基于尊重议员问政，收到市场处书面通知后都有尽速回复，却因此被开罚，不只无依据，更是让人难以接受。
对此，柯文哲呛声：“北农的批发市场是台北市政府的，停车场是台北市的，整栋建筑物都台北市政府，我把你房子收回来，你要去哪里经营？”柯文哲说到北农满肚子气，如今房东大呛房客，但僵局依旧难解。
