据台湾媒体报道，台“教育部”打算以遴选过程出现重大瑕疵未补正为由，不聘任台大校长当选人管中闵。台大遴委会26日表示，根据“法务部”函释，校长遴选应不受“行政程序法”约束。
据报道，“教育部”25日召开跨部门咨询项目小组会议，相关部门就台大校长遴选过程的诸多争议厘清后，认为当选人管中闵兼任台湾大哥大独立董事，而遴选委员蔡明兴是台湾大董事，已涉及“行政程序法”的回避事项，台大遴选委员会依法必须厘清，确认蔡明兴是否回避后，再重新进行投票。
“教育部次长”林腾蛟受访时表示，25日的咨询小组会议并未做成结论，“教育部”还在等最后的一些数据，27日晚间再召开会议，综合参考各项信息后，才会有决定，对媒体的报导“没办法评论”。
对于有媒体报导“教育部”将因独董争议不聘任管中闵为台大校长，台大校方表示，因无法确认是否属实，暂时无法响应；独董争议部分，台大校长遴选委员会早已有声明厘清，并无疑义。
台大校长遴选委员会表示，“法务部”2016年函释中提到，“大学法”就大学校长遴选委员会之组织、运作等事项已授权“教育部”订定办法，“教育部”也订定大学校长遴选委员会组织及运作办法予以规范，若同一事项于运作办法已另有规定者，应优于“行政程序法”适用。
遴选委员会指出，从“法务部”函释来看，台大校长遴选应不受“行政程序法”约束，台大遴选委员会1月31日的会议纪录也提到此事，当天遴选委员是在知道不受“行政程序法”约束的前提下进行讨论，最后做出管中闵当选资格无疑义的决议。
