据台湾媒体报道，台北车站特定区联合防灾中心必须到2019年才能竣工，台北市长柯文哲为此和“交通部次长”王国材杠上。台湾“交通部”17日晚间更直接发出新闻稿指出，“柯市长批评联合防灾中心未完工前有公安问题，应该是不了解真实情况的夸张说法，危言耸听，但也等于是散布不实信息，反而造成民众恐慌”。
据报道，台湾“交通部”表示，台北车站之防灾应变，系依据“内政部”2006年核定之计划，采分区管理整合运作为主，由相关单位设置自身应变中心协调运作。现有台铁局、高铁公司、捷运公司、台北市政府消防局、台北市政府警察局、台北市政府卫生局、“内政部警政署”铁路警察局、“内政部警政署”铁路警察局台北分局、站前地下街、台北地下街、K区地下街等单位均参与每年演练。
台湾“交通部”指出，包括“台北车站特定区共同防火管理协议会议及演练”(每年2次)、铁安“动员灾防反恐”演习(每年1-2次)、特种防护团民防团队常年训练(每年1次)及台北车站特定区自卫消防编组演练(每年2次)，系以联合运作机制确保台北车站特定区联合防灾之安全。
台湾“交通部”表示，柯市长批评联合防灾中心未完工前有公安问题，应该是不了解真实情况的夸张说法，危言耸听，但也等于是散布不实讯息，反而造成民众恐慌。以柯市长的传播能量，请格外小心查证与公共安全有关的发言，事实上，北车地区防灾应变计划，各系统秉分区管理、整合应变架构，而且年年有联合演练，并没有他说的置数十万出入旅客安全不顾的状况。
台湾“交通部”说明，2016年1月29日柯文哲市长参访日本大阪车站，建议台北车站应比照日本建立联合防灾中心，2016年9月19日台北市政府新颁布台北车站特定区联合防灾中心紧急应变标准作业程序。新当局上任接受柯市长建立联合防灾中心建议，配合台北市政府办理台北智慧车站计划案之期程要求，积极赶工把各单位纳入同一办公室(中心)，也列出2019年3月底前完成时程。请柯市长不要太急，更不要危言耸听。
