“导弹误射事件，责任明显落在台湾，不但新政府的治军能力遭受国际质疑，新政府至今尚未建立两岸危机处理机制，也将成为国际瞩目的台海安全漏洞。”台湾前绿营“立委”郭正亮提到的这个问题也是岛内“侥幸没出大事”之后普遍后怕的一点。郭正亮5日在香港《南华早报》网站题为“台湾导弹误射的两岸冲击”的文章中写道，引发国际瞩目的雄风—3反舰飞弹误射事件，堪称是台湾近20年来最诡异的军事意外。事实上，台军误射事件并非第一次。1994年11月14日，小金门前埔40高炮阵地，试射61发火炮，结果误击厦门郊区，造成4名大陆居民受伤。这次导弹误射意外，如果不是因为射中渔船导致落海，导弹可能继续往西飞行，跨过台海中线，甚至还可能打到大陆船只，让原本就僵持难解的两岸关系，陷入更严峻的空前危机。文章认为，因为导弹误射事件，外界将进而要求蔡英文必须及早与大陆建立可靠的沟通管道。
“美国之音”称，台湾媒体盛传这次事件只差五秒就会酿成台海危机，导弹没有越过海峡中线是否是不幸中的大幸？美国美利坚大学亚洲研究理事会主席赵全胜表示，这次事件凸显两岸之间危机管理和联络通道畅通的重要性。根据之前国台办的说法，现在大陆和台湾的沟通机制已经停摆。这种情况下非常容易擦枪走火。如果两岸沟通顺畅，大事也可以化小，如果两岸沟通不畅，那么小事也可能变成大事。赵全胜说，沟通的关键就是互信，从大陆来讲，就是台湾承认“九二共识”“一个中国”等原则。
对于两岸的“症结”，台当局其实心知肚明，缺的是纠正错误的意愿。台“国安局”在报告中提到，意外发生后，台方已通报中国大陆及相关国家，展现维持台海及区域和平稳定的决心，“但就国家安全角度而言，此事件再度凸显维持两岸沟通联系机制的重要性，才能避免不必要的误解与误判”。
王建民对《环球时报》说，两岸关系本来有完整的政治沟通机制，都是建立在两岸政治互信的基础上。民进党上台后，蔡英文不承认“九二共识”，两岸联系沟通机制停摆，责任完全在台湾一方。沟通机制中断后，两岸就会发生意想不到的事情，这是我们面临的挑战。类似事件还可能发生，甚至有可能发生危机或冲突，这必须由民进党当局负责。
