在交流方面，林中森表示，两岸直航航班在自己刚就任时是每周558班，现在已是890班，若以单飞计算则是1780班，相当于每天有200多班。两岸人民往来去年总共有968万人次，其中台湾人民到大陆550万人次，大陆人民来台418万人次，是非常频繁的交流，两岸婚姻也超过了35万对。
林中森透露，为了多熟悉大陆，担任海基会董事长以来，自己总共组参访团去过42趟大陆，访问过100多个地级市，大陆31个省、市、自治区只有新疆、西藏没到过。“我到大陆访问，首先就是关怀当地台商，协助解决困难，台商有任何好的政策建议，我们会协助向两岸当局反映，也会把台湾发展成就优势、重要两岸政策、施政成果向台商说明，使他们放心，对‘政府’能有向心力。”
对于两岸关系，林中森不傲视，未来非常期待两岸和平、稳定、繁荣、发展的坚实基础能不断精进。“这也是两岸人民的期待，只有和平、稳定、繁荣、发展，对两岸人民福祉、对世界和平才是最有帮助的。”他也强调，希望不管是谁来接任海基会董事长，都能为两岸和平发展大局做出更大贡献。
