马英九是出了名的“不沾锅”，对情治单位亦然，有些退休的情治高阶首长甚至认为马因道德考量，根本是看不起，甚至嫌恶情治单位。除了因“总统”身分而必须接触之外，马英九几乎不碰情治事宜，与两蒋或李登辉、陈水扁四位“总统”相较，可说是“不闻不问”。算是唯一当了“总统”，却不想当情报头子的人。
马英九对情治的态度，好处是不会把情治当政治工具，或非法监听反对人士等；缺点则是少了“治国”的耳目，颇有失聪失明之虑。
马英九既然对当情报头子一事兴趣缺缺，问题来了，即谁是情治机关的老板？而“六○六专案”刚好给了个答案，马“政府”延续扁“政府”这项政策，于是“国安会”秘书长就成了“半个情报头子”，取代了“总统”完全掌控情治系统的角色。
马英九上任迄今，只用过苏起与胡为真两个“国安会”秘书长，袁健生是第三任。苏起深受马信任并深谙“国安”事务，也插手情治，有相当实权，因此，“国安局长”会听他的话，现任“国安局长”蔡得胜更是苏起向马英九力荐的。
至于马英九选的第二任“国安会”秘书长胡为真，因个性谨小甚微，且与马关系远不如苏起，因此虽在形式上，胡为真仍对“国安局”情报工作有所指示，但常让“国安局”自行决定，碰到情治相关事宜，也常让蔡得胜全权处理。
袁健生早年在海军服役，后转入“外交”系统并长年在美，与岛内情治素无互动，与丁懋时、陈唐山两位前“秘书长”的背景相近，因此，袁健生只能藉着“六○六专案”这个“国安会”与“国安局”的互动平台，打进情治圈，逐步调整适应其“半个情报头子”的新身分。
