特侦组则表示，“监察院”所提的各项疑点，都在特侦组的调查范围内，等调查告一段落，会向外界说明。
调查“监委”吴丰山指出，检方认定陈义雄死因和死亡时间，与尸僵、尸斑状态不符。检方认定生前落水、落水时间四到六小时，但陈义雄尸体严重僵直还有尸斑，死亡超过十二小时，“监委”认为，此些疑点检方没交代清楚，还有尸体何以系缠蚵绳、蚵团等事证，也未调查叙明，明显不当。
另外，检方认定陈义雄行凶动机是不满陈水扁，但刑事鉴定专家李昌钰在接受“监委”约询时表示，第一枪之弹道方向是瞄准吕秀莲，刑事局的解释却是，“弹道朝吕秀莲的方向，并不代表目标是吕秀莲”，“监委”认为解释不合理。
至于南检认定319案是一人一枪两弹，但包括刑事局证物鉴定报告和李昌钰的鉴定报告都无法确认两颗子弹是从同一枪之所击发，检方却认定只有一枪，明显有问题。
“监委”也认为，应该详加调查的是陈水扁的内裤和西装裤，为何没有弹孔、也没有血迹。尽管刑事局解释陈水扁有鲔鱼肚、当时又在挥手，所以裤子会掉下来，但“监委”认为，拿陈水扁公开行程的照片比对，穿西装裤的习惯跟一般人没有两样，照理裤子上缘应该在肚脐附近，对于外界的疑虑检方都没有厘清。
除了事证没有调查清楚，检方以“不提报流氓”交换唐守义配合侦查，最后让唐守义顺利出境，“监委”也认定有违失，因为提报流氓是警方和法院职权，检方干预个案逾越权限。当时刑事局和南检皆否认承诺不提报唐守义等人流氓，但高峰祈检察官和吕淑慧书记官等人2006年间，在刑事局亲耳听到侯友宜责难台南市警局长王文忠，没有依承诺不提报流氓。
