此外,当局效率也令殷琪无法认同。曾有“立委”质疑,台湾高铁要求政府投资高铁,违反台湾高铁“零出资”承诺。殷琪愤而召开记者会,批评“立委”对高铁案捕风捉影,行政部门决心不足,甚至指台湾高铁最大风险都是政府。她也曾说,在工作岗位上流汗比在政治舞台上流口水有贡献。
2001年高铁路线造成南部科学园区振动问题,曾让殷琪不满政府态度影响募资,要求“交通部”、“国科会”共同面对错误决策。
高铁兴建期间虽有风雨,也两度延后通车,最终还是在2007年正式启动,但运量未如预期、股东信心不足,都让台湾高铁财务黑洞愈滚愈大。在最后摊牌时刻,殷琪难再特立独行,基于照顾更多股东权益,下台已成她唯一的出路。