特侦组根据“总统府”于2003年核定“国务机要经费支用程序作业规定”，认定“国务费”中的机密费必须由会计处另设专帐，并须有公文备查使用目的，以领据列报的机密费，使用方式与以领据列报的首长特别费性质并不相同。检方向“总统府”及审计部函询后发现，陈水扁任内机密费的领据并未依该作业规定列帐，支用过程疑有违法。
特侦组发现，由林德训、陈镇慧经手、每月从“总统办公室”以领据领取的半数“国务费”机密费，当中有超过新台币五千万元，领后却未提出确切支出凭证，疑流向私人用途，检察官于八月十六日及九月二十五日分别搜索扁家、扁办及陈镇慧等人住所，并于首次搜索时扣得陈镇慧数支随身碟，当中有机密费支用的计算机档案。
陈镇慧在特侦组应讯时坦承，“国务费”中机密费的流水帐都是由她制作，其中有多笔机密费遭吴淑珍用于私人用途，这些费用她都是听从吴淑珍的指示转出，也曾帮吴淑珍汇款至吴景茂的海外账户内。
另外，由于林德训担任“总统办公室”主任任内，所有机密费的支领均要他经手，特侦组认为，林德训对吴淑珍支用“国务费”等情事应该知悉，除日前曾以证人传唤他到案外，也在九月二十五日的搜索行动中，搜索林德训住处，查扣一份“八十九年五月二十七日至九十五年八月‘国务机要费’机密及敏感支出表”。
特侦组将“敏感支出表”与陈镇慧的随身碟比对后，发现两者所记载的内容有多项出入，林德训疑有涂改、重新计算之嫌。检察官于九月底将陈镇慧声请羁押禁见获准，并于上午首度以被告身分传唤林德训到案。
检察官讯后，认为林德训涉嫌贪污治罪条例侵占公款罪、利用职务诈取财物罪及刑法湮灭证据罪，犯罪嫌疑重大，且有串证之虞，向法院声请羁押禁见获准。
