全国人大常委会6月30日通过《香港特别行政区维护国家安全法》草案，港府深夜11时宣布生效，引发各界高度关注，国台办立即指此法“必将斩断民进党当局乱港的黑手”。从国台办的发言内容可知，港区国安法不只针对“港独”，也将矛头对准“台独”，可谓一石二鸟，展现北京维护中国领土完整的决心。
港区国安法一生效，国台办发言人朱凤莲表即刻发表声明，指民进党当局对香港国安法“说三道四，公然歪曲事实、颠倒黑白，企图继续与乱港分子勾连，危害国家安全”，再次暴露他们图谋插手香港事务、搞乱香港、谋求“台独”的险恶用心。
朱凤莲说，香港国安法对严重危害国家安全的4种犯罪行为的构成及其刑罚作出明确规定，必将斩断民进党当局乱港的黑手，并严正警告民进党当局，任何人任何势力企图损害国家主权、安全、发展利益、破坏香港繁荣稳定的行径都是徒劳的，必将自食恶果。
为反制港区国安法，民进党当局设立专责办公室因应，蔡英文认为该法上路证明一国两制不可行，并称台湾援护香港的“香港人道援助关怀行动项目”已经启动、 “台港服务交流办公室”7月1日就会开始运作，提供香港人道协助。
民进党副秘书长林飞帆则说，“面对香港危局，我们要做最坏打算，最好的准备，和最强力的后盾。”他说“台港服务交流办公室”的启用是全球第一个国家正式设立的援港项目办公室；而民进党中央成立的“香港情势因应小组”也会持续关注香港情势，协助援港机制的民间与政府对话工作。林飞帆的这段话等于是对朱凤莲“此法必将斩断民进党当局乱港的黑手”，隔空反呛。
从国台办在香港国安法通过生效后，发言人无缝接轨的急发声明，直指民进党当局是乱港黑手便可知，北京认为去年闹得风风火火的香港反送中示威活动与民进党有关，而从该法涵盖范围包括台湾，大陆也将打击对象锁定“台独”份子及团体，有意从心理上对其产生威慑作用。港区国安法确实也对台湾起到一定的震撼效果。
台媒报导，台湾“国安”官员指出，港区国安法已引发区域甚至全球警觉，但后续情况还要观察，主因在于“执法的不确定性”，包括范围、程度、对象、案件等，“北京的红线在哪里？”目前尚不清楚。港区国安法第38条指出，非香港居民在香港外犯罪，适用本法；第36条指出，在香港注册的船舶或航空器上犯罪，也适用本法，意味台湾人可能在大陆与香港之外触法，且入境香港、坐上香港船只与飞机、在香港转机，都可能会被逮捕。
在分裂国家罪行方面，港区国安法规定，组织、策划、实施或参与旨在分裂国家、破坏国家统一行为即属犯罪，包含“将香港特别行政区或者中华人民共和国其他任何部分从中华人民共和国分离出去”。
事实上，《反分裂国家法》第2条第2项规定“台湾是中国的一部分。国家绝不允许‘台独’分裂势力以任何名义、任何方式把台湾从中国分裂出去。”
此外，第8条规定 “台独分裂势力以任何名义、任何方式造成台湾从中国分裂出去的事实，或者发生将会导致台湾从中国分裂出去的重大事变，或者和平统一的可能性完全丧失，国家得采取非和平方式及其他必要措施，捍卫国家主权和领土完整。”
非和平方式的选项之一包含不放弃武统；至于其他必要措施，港区国安法便是其中之一，在台湾地区支持、参加“台独”、“港独”活动，都可能违反“港区国安法”。
