各界对高雄执政失败的批评，让陈菊疲于应对，而陈菊就任蔡英文办公室秘书长期间，也是风波不断，与她相关的各种负面消息更是不断见诸新闻版面。
2019年7月23日，台当局爆发蔡英文特勤人员走私香烟案，尽管蔡英文办公室全力切割，但整起案件中，无论是运送私烟的货车还是参与所谓“团购”的人员，都和蔡英文办公室秘书长陈菊脱不了干系。
2019年10月1日，台湾宜兰县地标、南方澳跨海大桥突然断裂坍塌，酿成6死12伤的惨案。蓝营民代细究发现，台湾港务公司三位姓吴的高管，吴盟分、吴宏谋、吴宗荣，不只缺乏专业背景，而且都有一个共同点，都出身于民进党时期高雄市府的局处负责人，都是陈菊的人马。
尽管争议不断，但陈菊始终淡定以对，不过韩国瑜当选高雄市长后，高雄市议会调查小组接连调查承造台军舰艇的台湾庆富公司诈贷超百亿的“庆富案”以及高雄气爆善款运用案等，发现诸多疑点移送检调，这让民进党和陈菊坐不住了。陈菊的人马、自称无党无派的高雄市前文化局长尹立立刻在网络上发起“罢韩”行动。
最终，在民进党的操纵下，韩国瑜被高票罢免，高雄即将重回绿营的怀抱。韩国瑜被罢免当天，因为对台湾政治极度不满和失望而坠楼身亡的高雄市议长许崑源曾痛骂，“陈菊执政十二年，她的公务人员贪渎和伪造文书总共一百零五件、一百九十四位起诉。”而台湾媒体也一语道破，之所以民进党急着“罢韩”，“与韩国瑜在高雄揭弊反腐紧密相关。”
在高雄市时，陈菊呼风唤雨，“南霸天”不是喊假的，但离开高雄后，陈菊却发现高雄已风起云涌，正一步步脱离自己的掌控。这其中，2019年9月是个分水岭。至于韩国瑜到底查到了什么弊案，对陈菊有多大杀伤力？让被陈菊告了十几个官司，最后大获全胜的邱毅教授来告诉您。
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“花妈”当“包公”？
6月22日下午，蔡英文办公室召开记者会，宣布第六届台监察机构成员提名人选，名单共27人，其中，由陈菊出任台监察机构负责人。这场记者会原订6月19日举行，但由于台东县前县长黄健庭的台监察机构副职负责人提名引发蓝绿阵营强烈不满，记者会临时取消。而在黄健庭宣布退出提名后，另一位遭质疑的台监察机构成员被提名人、新北市前副市长陈伸贤也退出，使得对陈菊的提名备受瞩目。陈菊表示，她的职责重大，必须超越党派，她宣布辞去所有政党职务，退出民进党。
