新冠肺炎疫情发酵，继大陆学生之后，港澳生也不能到台湾。岛内舆论担心，陆生和港澳生一旦大幅流失，台湾高校恐会受不了。
台湾当局继宣布港澳人士入境台湾后必须自我隔离14天后，11日起又暂停港澳居民和学生到台湾。据《联合报》11日报道，不少港澳生一接到消息，立即改机票抢在午夜最后期限入境台湾，导致票价飙升。根据台“教育部”统计，全台大专校院共有10844名港澳学位生，但截至10日下午仍有7972人未入境。就读台北大学中文系的梁姓港生表示，他一接到消息立刻上网查询赴台机票，单程机票飙破18000元新台币。不少大学反映，过去几天紧急安排宿舍“全都白做工”，当局政策朝令夕改，一切都措手不及。
进入台湾的港澳学生则开始了14天的隔离生活。《旺报》称，有人被学校从机场接到隔离宿舍时，心理冲击很大。像新竹清华大学有130名港澳生，其中约80人住宿舍，50人住校外，但每人都需“居家检疫”14天。一些高校则引发恐慌。据联合新闻网12日报道，成大一栋宿舍里，一个4人间因一名来自香港学生进驻，另外3名学生吓到马上搬离。报道称，目前约50人住在学校宿舍，但多数在外自租房子，一些房东向学校求助，还有亲友把港澳学生“丢包”到学校的情况。
与此同时，这样的隔离并不是免费的。台湾“教育部”称，学生住宿费及伙食费一向由学校依“专科以上学校向学生收取费用办法”办理。世新大学提供“1人1房”隔离住宿，每人收6000元新台币，结果被质疑太贵，收费不透明。
12日，台湾“教育部”和大考中心今宣布，大学指定科目考试(指考)将延期到7月3日至5日举行。《联合晚报》称，这是史上首次指考延后办理。中国文化大学范姓港生称，如今来不及回台，心情很焦虑，担心不能顺利准时毕业。
实践大学校长陈振贵称，他们学校有250名港澳生，到目前仅个位数来台，希望剩下的学生持续远程修课，等五六月或暑假时再补修学分。他实在不希望这次疫情造成陆港澳生大量流失。交通大学代理校长陈信宏称，预期会有学生延期毕业。《中国时报》称，陆生、港澳生如果在这波疫情中流失，对私立大学是重击。
