不出外界预料，坚持“卡管”4个多月后，台“教育部”以“学术伦理、基本诚信未被彰显”为由，驳回台大遴选会的决定，并要求台大重新进行校长遴选。这是一场三输的斗争，对管中闵而言，失去机会推动台大“亚洲旗舰计划”，让台大到2028年建校百年，成为具多功能的亚洲高教枢纽，是第一输。对绿营而言，勉强守住了城池、坚持了立场、挫败了蓝营的反弹，却牺牲了一位“部长”，新接任“部长”的道德正当性也在蓝绿斗争过程中荡然无存，将难久居其位。如此惨烈的胜利还算不算胜利，十分可疑。最可怕的是第三输，台大、台湾高教整体将承受最坏的结果。
台湾中国时报刊文说，对台大而言，台“教育部”执意破坏大学自主原则，执意逼迫台大重启遴选机制，台大当然不会乖乖就范，肯定会提起行政诉讼，这意味台大将会有1年半以上的时间没有校长！同样可以预期的，蓝绿肯定在这个议题上找到新战场，吴茂昆的黑材料肯定会越爆越多，也肯定会越爆越难堪，蓝营悲情继续升高，必定全军动员抓着吴茂昆猛打。网络最近正流行阴谋论，说民进党挑吴茂昆接教长，就是要让他代替蔡英文当箭靶，好稳住下坠的支持度。
确实很难想象，选在台湾高等教育陷入史上最艰困的时刻，主持全台教育大计的“教育部”，竟将十成十心力全押在卡管案，而且一拖就是3个多月。这3个多月，硬是让全台高教首席的台大没有校长领导；同样这3个多月，前“教长”潘文忠也几乎全被绑在这个议题上脱不了身，最后换得自己狼狈下台。看这态势，卡管案很可能将进入延长赛，台湾在2018年的教育史，写到现在还是只有一个“卡管”加“卡吴”！
