至于掌握行政权，对国民党发展与运作仍有很大影响力的马英九，在“马王政争”之后，就完全失去了整合党内分歧的能力，面对党内的风风雨雨，似乎也是袖手旁观，马一方面拥有对于党的实质影响力，一方面却又束手无策，使得问题更加治丝益棼。
国民党的危机还在于人才的危机。相对于民进党中生代的接班梯队，国民党却面临严重的人才荒，国民党的人才危机表现在几个方面：首先是政务官和施政与民意严重脱节，无法成为政治领袖的储备队伍。
其次，众多集中在北部地区的民意代表，或是年龄日趋老化，或是社会形象不佳，不为新世代所接受。
第三，国民党长期培养不出有政治论述、经营议题、开拓票源等能力的优质新生代，除了少数几位外，所谓的国民党新生代不是政治家族的二代、三代，就是听命于老板的乖乖牌，难以真正在未来担当领袖重任。
国民党更深重的危机是价值的危机。很久一段时间以来，媒体评论喜欢炒作国民党内“本土派”与非本土派的对立与摩擦，由于许多国民党“本土派”人物被认为有“黑金”背景，相当一部分蓝军认为所谓“本土派”其实是国民党内该被革除的毒瘤。然而，部分非本土派人物则被外界视为色彩“亲中”、强烈反“台独”的深蓝人士，近来甚至有“国民党新党化”的疑问被提出。
事实上，国民党一直忽略价值重建、思想论述的工程，党内流派的分歧固然存在，却一直未能有深入的厘清与检讨，思想立场的问题往往被简化成、或是表现为权力的冲突、资源的争夺。国民党党员其实思想各异，最大公约数是“反台独”或者“非台独”，但是除此之外，许多重大问题并未得到厘清，党内也从不鼓励、培养辩论的风气和文化。
