台北市长访港第一人
2001年2月11日，马英九第三度访问香港。与前两次不同，这次他是受香港特区政府邀请、以台北市长身份抵港，随行的还有20多位台北市政府官员。
1岁3个月便离开香港的马英九，粤语讲得并不好。不过，秀粤语却让马英九赢得了不少香港人的好感。抵达香港的晚上，他先用粤语给香港的朋友拜晚年：“各位朋友大家好，好高兴再次来到香港和大家见面……”虽然他的发音并不标准，却拉近了彼此的距离。2月13日，他与特区行政长官董建华会晤，这也成为1949年以来，台北与香港两地领导人的首度会面。
原本马英九只安排接受一家媒体专访，但在香港媒体的强烈要求之下，临时加排了十几场媒体采访。马英九在接受记者访谈时强调，要恢复“九二共识”，恢复海峡两岸互信，搁置政治争议，同时也表示非常高兴看到香港在回归后各方面仍然继续进步。他当时说，希望香港回归后，比在英国人手中发展得更好，这也是台湾同胞乐意看到的。
在香港期间，马英九不改晨跑的习惯。清早便在香港公园慢跑，这又引来大批媒体追逐。在他结束访港行程回台后，立即会见了当时的陆委会主委蔡英文，向她报告了香港行成果。马英九原本还有机会第四次去香港的。2016年，已经卸任地区领导人的他打算于6月15日出席在港举行的亚洲卓越新闻奖颁奖典礼，并以英文发表专题演讲，分享对两岸关系和东亚形势的看法。然而，他的访港申请被蔡英文当局以接触“台湾机密甚巨”为由拒绝，最终马英九的演讲不得不改用视频方式进行。在演讲中，马英九不忘讽刺当局：“没想到香港那么危险。”
到了今年5月20日，马英九3年的出境管制期将结束。从理论上说，他可以不用申请就去香港了。或许，马英九能完成被推迟3年的访港计划了。
