已经87岁高龄,满头白发的陈孔立仍然身处台湾问题研究的最前沿。1987年,两岸打开交流大门的这一年,陈孔立开始担任大陆第一家台研所——厦门大学台湾研究所所长一职,长期从事台湾历史、政治、两岸关系的研究,陈孔立与台湾学者和蓝绿各派,有着长久“亲密”的接触。
陈孔立告诉记者,实际上两岸学者早在1986年在美国芝加哥大学举办的台湾问题国际研讨会中就见面了。说来好笑,当时因怕对方是国民党特务,不敢与台湾学者一起照相。
到了1988年1月,台湾学者邀请陈孔立赴台参加“台湾史研讨会”,但当时绕道香港准备入境台湾时,却因为居住地在大陆,不符合所谓“入境资格”没有去成,而此时陈孔立的一篇文章已在研讨会上公布,因此他也被称为“大陆敲门去台湾的第一学者”。