民进党当局不承认“九二共识”，导致两岸关系陷入僵局，两岸经贸往来也越发趋冷，台湾经济可谓雪上加霜。据大陆商务部统计显示，今年上半年两岸贸易额为807亿美元，同比下降近一成。除了全球经济疲软、两岸贸易结构转型等原因外，岛内政党轮替带来的两岸关系不确定性对两岸贸易投资的负面影响尤为明显，因为“520”民进党上台后，6月两岸经贸额比去年同期大幅下降超过19%。
早前台湾工业总会在“2016年政策白皮书”中列举新当局上台后台湾经济环境恶化的表现，其中头一项就是“两岸关系全面停滞”。台湾“中华经济研究院”也表示，多年来厂商对经济形势的关切度，今年首次出现“当局的两岸政策”超越“大陆经济走势”。可见，台海局势出现变数，对台湾经济发展的负面影响已然浮现。台湾工商业者无不对此表示深深的忧虑。
两岸贸易以加工出口为主，但由于世界经济欲振乏力，两岸也难独善其身。台湾出口甚至连续17个月负增长，创下2009年金融海啸以来最长的衰退纪录。此外，近年来台湾制造业向大陆转移出现减缓甚至衰退，而大陆制造业发展较快，产业体系不断完善，台湾产品在大陆市场的竞争力相对减弱。两岸贸易结构转型迟滞，影响了贸易额的增长。不过，民进党执政后第一个月（6月）两岸经贸额即急促滑落，反映了两岸关系不佳是影响两岸经贸来往的重要因素之一。
大陆是台湾最大贸易伙伴、最大对外投资地区、最大出口市场、最大贸易顺差来源地、最大游客来源地以及第二大进口来源地。两岸关系陷入低迷，甚至倒退，势必影响双方经济合作的气氛和意愿。
