陈云林走访花博会是在一般民众入园参观的时段，对于陈云林在园区内的动线及维安，海基会发言人马绍章表示，陈云林将被视为贵宾，相关安排尊重花博营运总部的安排。
陈云林20日抵台后，也将前往参观台北故宫，故宫可能安排陈云林参观目前正展出的“文艺绍兴－南宋艺术与文化特展”，也将安排陈云林一睹闻名中外的翠玉白菜和肉形石。
马绍章表示，两岸协商以人民福祉为主要考量，协议也是对两岸都有利的，相信大多数民众都会支持，对于是否设立“抗议专区”的问题，马绍章说，没有必要，而且想都没有想过。
马绍章指出，江陈会谈时，将针对这次无法签署的投资保障协议继续沟通，并做出后续的安排，至于对外说明时要用什么形式来呈现，目前尚未定案。但他强调，两会除了医药卫生合作协议之外，没有规划签署任何文件。
