建立联合作战体制，与美军无缝对接
美国、俄罗斯等国家在军事转型中相继建立了联合作战指挥体制。日本作为美国的重要盟友，在指挥体制上也追随美国，逐步建立起既适合本国国情，又方便与美军对接的联合作战体制。
日本于2006年3月27日正式成立联合参谋部，同时撤销参联会，建立起以联合参谋部为核心的联合作战指挥体制，把原来各军种参谋长的作战指挥权统一收归到联合参谋长手中，各军种参谋长被剥夺作战指挥权，由联合参谋长指定联合任务部队指挥官对部队实施统一指挥。各军种参谋长退出指挥链后，专门负责本军种的建设、训练、人事和管理等工作，成为“力量的提供者”，而联合参谋长成为“力量的使用者”，从而建立起军政军令分开的一元化指挥体制。联合参谋长直接向首相负责。
日本自卫队新的联合作战指挥体制链条为“联合参谋长—联合任务部队司令（各方面队司令或中央快反集团司令、联合舰队司令、航空总队司令或未来的陆上总队司令等）—联合任务部队”三级指挥体制。
特别需要注意的是，作为美国在亚洲最重要的盟友，日本的联合指挥体制还要和美军对接，便于实施高效的联合作战。2012年3月，日本航空自卫队航空总队司令部迁入驻日美空军司令部横田基地，同时在横田基地设立“日美联合作战协调所”。2013年3月，陆上自卫队中央快反集团司令部从朝霞驻地迁入驻日美军陆军第1军司令部的座间兵营（神奈川县），另外，海上自卫队与驻日美海军第7舰队同在横须贺基地。因而，日本陆海空主要司令部与美军太平洋战区三军战术司令部已经实现整合，自卫队的三级指挥体制与美军的三级指挥体制分别对应，战时可实现指挥链的“无缝对接”：日联合参谋长对应美太平洋总部或中央总部等战区司令；日各军区司令或中央快反集团司令（或未来的陆上总队司令）对应美陆军第1军司令，日海上自卫队联合舰队司令对应美第7舰队司令，日航空总队司令对应美驻日空军司令；日联合任务部队对应美联合特遣部队。
