据报道，中国渔民每人还被罚款10万美元，渔船也被没收。除了“非法捕鱼”的罪名，他们还因持有受保护物种的行为接受审判，依据菲律宾法律，这一罪行最高可判处20年监禁，这意味着中国渔民最终被判的刑期可能更长。路透社5日发自普林塞萨港的报道称，中国渔民静静地坐着，听着菲律宾法院工作人员用英语宣读、再翻译成中文的判决。报道称，一名为中国渔民辩护的菲律宾公共检察官办公室的律师表示，他将会提出上诉。“我们认为中国渔民是无辜的，他们不是故意进入菲律宾领土，而是受恶劣天气迫使，”该律师说。中国渔民曾表示，他们是从印尼回中国的途中遇到恶劣天气，迫于无奈在图巴塔哈群礁躲避，船上的全球定位系统损坏，他们当时不知道那里是菲律宾领土。但审理该案的法官称，中国渔民的解释“极度不可信”。
GMA新闻网5日称，菲律宾外交部表示支持判决。在被问到是否担心此案影响与中国的关系时，菲外交部发言人乔塞5日称，判决是依据菲律宾法律作出的，“中国渔民被逮捕的地方位于菲律宾内海，菲对该地拥有唯一主权”。报道还称，中国渔民还被控“非法持有几百只穿山甲”，菲海警部门称在中国渔船上发现40个装有冷冻穿山甲的箱子，重达1万公斤。“穿山甲是一种受国际公约保护的野生动物，但在中国被认为是拥有特殊功效的食物。”
2013年4月8日，菲律宾海岸警卫队宣布在该国西南部的图巴塔哈群礁地区扣留一艘“可疑”中国渔船，12名中国船员因涉嫌“侵渔”被逮捕。图巴塔哈群礁因丰富的物种多样性于1993年被列入《世界遗产目录》，总面积968平方公里，菲方将该地设为禁航区。《菲律宾每日问询者报》称，中国渔船搁浅造成图巴塔哈群礁地区4000平方米遭到破坏。此外，中国渔民还被指“行贿菲公职人员”，并面临非法入侵、持有受保护物种、破坏礁湖的行政指控。法新社5日称，菲律宾2009年制定的反偷猎法律将图巴塔哈群礁定为保护区，这12名中国渔民是首例被判违反该法的外国人。报道称，就在中国渔船搁浅之前，一艘美国扫雷舰去年1月搁浅图巴塔哈群礁，造成巨大破坏，最后不得不被分拆拖离，“菲方向美国开出了130万美元的索赔，但没有向任何人提出起诉”。法新社称，菲巴拉望省首席检察官罗德里格斯评价该案的判决称，“这是我们严惩破坏环境行动的重大突破，希望这将是一系列行动的开始。”
“菲律宾巴拉望地区扣押着几十名被控非法捕捞的中国和越南渔民”，法新社5日发文称，除了这12名被判刑的中国渔民，今年5月，菲律宾还在南沙半月礁抓扣了9名中国渔民，半月礁处于中菲领海争议地区。6月，菲律宾法院开审中国渔民，并指责中国使馆介入致使其找不到翻译。
厦门大学南洋研究院院长庄国土5日告诉《环球时报》，菲律宾法院重判中国渔民，打破了中菲之间处理渔业纠纷的“默契”，以往菲律宾抓扣中国渔船渔民后，往往在收到“罚款”后就放船放人。虽然此案不涉及领土争议，但菲律宾似乎是想借此案表达其在南海问题上的强硬立场。庄国土认为，菲律宾方面无视中国渔民人权，不顾中菲关系大局，必将自吞苦果。此外，他认为，也要提醒中国渔民在外应依法依规进行捕捞作业，避免被抓到把柄。
