奥巴马抵达马尼拉之前几小时，菲律宾防长加斯明与美国驻菲大使戈德堡在马尼拉国家军队总部签署《增强军事合作协议》。英国《金融时报》评论称，这是自1991年美国被迫关闭驻菲军事基地以来，五角大楼首次获得这样的许可，协议有助于美国把更多军事力量投入亚洲，配合其“重返亚太”战略。该协议也为菲律宾提供了新的支持，后者与中国在南海的领土争端正不断恶化。《日本经济新闻》说，协议禁止美国在菲部署核武器。
“这个经过近两年密集而全面的谈判达成的协议，是我们作为长期盟友的历史性里程碑。”菲外长德尔罗萨里奥28日称，菲美防务协议“为现代和成熟的伙伴关系打开新篇章”。菲律宾GMA新闻网28日说，马尼拉指出，签署该协议不针对任何特定的亚洲国家。当天，菲律宾外交部发表声明解释菲美新军事协议，声明包括30个问答，比如，新军事协议的目的、如何实现协议目标、菲律宾会得到什么好处等，其中没有提到中国。
“日本电视台”28日则认为，美菲制定的新军事协议会让菲律宾成为事实上的美军基地，可以看成是为牵制中国而定。同一天的瑞士《新苏黎世报》称，美菲新防务协议意味着，一旦中菲爆发岛屿争端，美国就可能援助菲律宾。德国新闻电视台28日称，“美国和中国的关系进入冰河时期”，奥巴马在东京高调支持日本，在菲律宾又签署军事协议，美国表态要做盟国的“保护者”。这被视为美国亚洲战略的摊牌。“世界社会主义者”网站分析认为，美菲新军事协议仿照的是2011年11月签署的美澳军事协议，该协议允许美军陆战队驻扎澳大利亚的达尔文，为美国更广泛进入澳大利亚空军、海军基地奠定了基础。报道称，新协议给美国提供了增加对菲军售可能。弗吉尼亚国防分析专家汤姆森对路透社说，马尼拉最需要的军事技术是有助于在南海执行领土主权主张的武器，这可能包括P-8海上巡逻机、小型战舰以及标准-3导弹。
