鉴于朱杏南在当地的影响力和坚决革命的精神，国民党县党部人员多次对朱杏南软硬兼施、利诱威逼，企图使其放弃革命。国民党县党部姜某等一行与朱杏南见面，企图诱迫朱杏南叛变，遭到朱杏南当面训斥，被揭穿阴谋诡计的姜某等一行不得不悻悻而归。不久，国民党悬赏1000银圆通缉朱杏南，并利用叛徒探听其行踪。国民党军警曾三次包围朱杏南的家，企图逮捕他。第一次朱杏南在农民的掩护下躲进猪圈未被搜到；另一次躲进楼顶的天花板方才脱险；第三次由于他反应机敏，及时跃出楼窗并爬行数家屋顶，方幸免于难。
夏港的白色恐怖愈加严重。鉴于朱杏南在江阴无法立足，1929年春，党组织把他调至吴县担任县委书记，化名黄春涛。一到苏州，朱杏南即开展工作，联系党员，发展组织，经过一个月的努力，县委就与76名党员接上关系，并领导他们开展斗争。同时，在异常险恶的环境下，朱杏南仍积极从事工人运动，并努力在太湖、阳澄湖开展农民运动，为在此建立革命根据地而积极准备。
为筹措革命活动经费，朱杏南不断变卖归于自己名下的土地，母亲无法理解他的举动，骂他为“败家子”，并将银子埋于地下，不再购置土地。
1930年9月，朱杏南在苏州联系工作时不幸被捕。之后，虽历尽各种酷刑，并由国民党省党部、县党部、县政府、监察局、苏州驻军等五方会审，但朱杏南坚贞不屈。最后朱杏南被转送南京国民党军政部陆军署军法司监狱。1931年5月19日，朱杏南在南京雨花台牺牲。
本来从事中医学习的朱杏南并未成为一名医生，而是走上了革命道路，并为此付出了一切，包括生命。对于此，朱杏南始终没有后悔过，并“引为无上光荣”。在遗书中，朱杏南对家事田产及女儿做了安排，尤其鼓励家人要追求自由，推翻压迫。他写道：“……处处去找光明而快乐的路，运用自由自主的权威，将旧社会的一切伪道法都打破它……”
朱杏南虽然牺牲了，但他的革命精神，却在江南大地播撒了火种，许多进步青年追随他的脚步走上了革命道路。他的家人，更是继承烈士遗志，前赴后继，为中国革命事业而接力奋斗。
