面对山雨欲来，谣言满天，许多人劝孙立人尽速出走，但耿直的孙立人自认问心无愧，不为所动。而此时已被逮捕的郭廷亮，被押往高雄凤山审讯，政工干部要他承认有谋叛意图，逼他交出孙立人的所谓兵变计划。郭廷亮自然严词拒绝了这些子虚乌有的问题，于是遭受严刑拷打。他不为所动，坚持不承认有谋叛企图。眼看一招不成，保密局特勤室主任毛惕园又策划出一计。先是将郭的妻儿也关入监牢。然后他与毛人凤共同导演，劝郭廷亮写自白书承认自己是“共产党的间谍”以此来换取早日释放，并且谎称保证出狱有工作，不会牵连孙立人。在威逼利诱之下，郭廷亮写下了“自白书”。接着办案人员拿着这份“自白书”去威胁其他涉案人员，几经反复，终于有了几十份令他们满意的“自白书”。自此郭廷亮“匪谍”案和南部“兵谏”案便告坐实，扳倒孙立人已是箭在弦上。
8月3日，“总统府”局长黄伯度带着上述“自白书”来到已被宪兵包围的孙立人官邸，要其引咎辞职。孙立人知道其中必定有诈，断然拒绝。黄又透过其部下陆军副总司令贾幼慧，以及孙的侄子孙克刚等，转达“上面”坚决整顿孙立人旧属的立场，要孙立人顾全300多名部下的性命。自知回天乏术，孙立人无奈写下一份简短辞呈。然而这份辞呈并不能令上面满意，反复几次，写出了一份“符合要求”的辞呈。
8月20日，“总统府”发布“彻查令”，10月23日，歪曲事实的报告出炉，结论是：孙的部下郭廷亮“为中共工作”，利用孙的关系在军中联络军官，准备发动“兵谏”，孙未及时“举报”亦未“采取适当防范之措施”，“应负责任”。郭廷亮被判处无期徒刑，先在绿岛监狱服刑，假释后，却发生了在火车上跳车身亡的离奇“意外”。
幽居台中 教子有方
对于被免职的孙立人，蒋氏父子采取“不杀、不审、不问、不判、不抓、不关”，但也“不放”的“七不”政策。1956年6月，孙立人被逐出台北市南昌路官邸，迁往台中市向上路一段18号居所，开始了漫长的软禁生涯。
孙的居所原为军方宿舍，四周筑有围墙，戒备森严，门前向上路两头堵死，由“国防部”派来的6名“保卫人员”日夜监视，外人不得入内，孙立人和家人也不能随便外出。孙的任何活动，包括打电话，都须通过“保卫人员”向上请示，得到允许后方可进行。孙立人外出，由“国防部”派车，另外，加派一辆吉普车跟随。孙家围墙外，有军事情报局加盖的一栋三层楼的指挥中心，居高临下，随时监视孙的一举一动。凡是“上头”认为“不方便”的事，孙立人均不得擅自去做。外出也必须“保卫人员”“陪同”前往。当时，蒋介石对孙立人看管极严，连孙立人的厨子身上都藏着刀，只要有人想救孙立人，立马一起干掉。
幽居的日子里，家人成了孙立人最大的安慰。孙立人与张梅英前后生育四个孩子，他以“中国安定，天下太平”为儿女命名。儿女多了，开销也变大。孙为官清廉，并无积蓄，幽禁之后又不给薪水，生活十分拮据。早在他担任陆军总司令时，家里就十分清贫，菜金要限制，若来人添菜，只有咸蛋、炒蛋或皮蛋，家人背后称为“三蛋轰炸”。张梅英回忆说：“后来四个孩子长大了，进学校读书，每天要带便当，没钱买米，四个孩子只能分三个鸡蛋吃。”
孙立人也尝试在家养鸡、养鸟，养猪，开辟果园，后来改种玫瑰，他虚心向花农请教，悉心栽培，广受欢迎，被称为“将军玫瑰”。家中有时缺少菜钱，他便到后院剪些玫瑰花，由张梅英骑自行车送到菜市场，交换一些青菜豆腐。粗茶淡饭，一家倒也其乐融融。
