1949年3月，孙立人与艾伦·格里芬正在谈话
郭案牵连 终遭罢黜
及至1954年，“美台共同防御条约”签署，台湾被正式纳入美国在远东的防卫圈中，台湾的安全得到极大的巩固。对于蒋介石来说，此刻的孙立人不但没有任何用处，相反还是威胁，尽管孙已经没有什么实权了。
这一年6月，孙立人被调任“总统府”参军长，明升实贬，彻底被解除了兵权。然而这还并不意味着结束，一场更大的阴谋正在酝酿当中。
1955年5月25日，在蒋的授意下，毛人凤将孙的旧部、步兵学校少校教官郭廷亮以“匪谍”为名逮捕，由此拉开又一拨整肃高潮，一周之后，台湾南部又爆发了所谓“兵谏案”。不到一个月的时间内，被拘捕的孙立人的旧部达到300多人，意在通过这些下属来寻找打击孙立人的突破口。
郭廷亮被捕4天后，蒋介石还故作无事地召见孙立人，据孙回忆：
“一九五五年五月廿八日上午十时正，‘总统’召见我，第一句话问我近来看什么书？我回答：‘看《南宋史》。’他说：‘那很好，很好。’他接著说：‘你没有什么，你以后少跟政客们来往。’我回答他说：‘是的，我一生最讨厌玩政治和与政客打交道。’他随即说：‘这次我要把你给孤立起来。’同时他面色变得很难看（气愤），随即又回转微笑（不自然的）说：‘你对于训练部队很好，不过打仗不行。’
我当时听了他这话，几乎迷惑了。真是使我啼笑皆非，不知从何说起。我当时直言以对：‘不然，将不知兵，何以为战？盖兵战实为一体两面，而不可分离。窃职总发从军追随钧座卅余年，转战国内外大小凡百余战，从未辱钧命，而攻无不克，战无不胜，守无寸土之失。殊不知钧座所言‘打仗不行’何所指也？若言争权夺利，欺世盗名，则我不屑也。’言毕敬礼而退。未想到这竟是最后一次的见面。”
