1949年1月，根据傅作义对战和仍不明朗的态度，解放军一举攻克天津，切断了傅作义海上逃跑的路线。10日，阎又文又接到王玉发来的指示：迅速了解傅作义的动向。阎认为傅作义的动向可能是：一、南逃会蒋，在长江一线驻军；二、往西线而去，投靠西北马家军；三、固守北平，与林彪部队决战于此。不过，傅犹疑不决，决心难下。此时，阎又文力劝傅，其部非蒋嫡系，投靠蒋绝非上策；如与西北马家军会合，如今北平已被共军百万大军所包围，此路显然不通；与林彪决战，则分明是绝路，况且北平这座文化古城将遭到毁灭性破坏，敌我双方都将成为千古罪人。那么，不妨寻找第四条出路，与城外的共产党谈判，寻找转机。傅作义对此仍犹疑不定。在此间隙，根据上级指示，阎又文配合各路人马，如邓宝珊、傅冬菊、刘厚同、何思源、杜任之等，对傅作义展开攻心战，终于使傅作义决定派代表与中共和谈。
随即，阎又文代表傅作义参与双方的和谈。1948年12月25日，在傅作义战与和尚不明朗的时候，新华社公开宣布了一份以蒋介石为首的43名国民党头等战犯的名单，其中有傅作义的名字。对此，傅作义心里十分在意。此时，阎又文对傅作义进行了许多劝导工作。他说这是“周瑜打黄盖”，即“蒋介石对你不率部南撤肯定会生疑，而华北丢了再去南方，蒋不会饶过你。共产党正在和我们和谈，这时把你和蒋绑在一起，应该是为了解除蒋的怀疑”。果然，中共密使很快转来了一封毛泽东亲拟的电报，电报告诉傅作义：“我们这样一宣布，你在蒋和蒋的部队面前地位加强了。你可表示坚决打下去、别无出路，暗里和我们谈好，和平解放北平。”
于是解开了傅作义的心结，双方的秘密和谈重新开始。阎又文受命作为谈判代表，对谈判过程进行了详细记录。回到北平后，他把与叶剑英的谈话记录交给傅，傅看后沉思良久，说：“看起来，事到如今，只有放下武器这条出路了。”
1949年1月22日，阎又文以华北“剿匪”总司令部政工处副处长的身份，在中山公园水榭举行了最后一场中外记者招待会。他代表傅作义宣读了《关于北平和平解决问题的协议书》，以及傅作义的文告。此后的1月31日，北平宣告和平解放。2月2日，傅作义偕邓宝珊、阎又文赴西柏坡拜会毛泽东。在那里，阎又文第一次见到了自己的直接上级领导罗青长，并正式恢复了自己的组织关系。不过，当时他的真实身份仍未公开，仍继续协助完成傅作义部队的改编和绥远和平起义的工作。
新中国成立后，阎又文随傅作义部队接受改编。此后，他由水利部部长傅作义点名，调任水利部办公厅主任。再后，又任水利部农田水利局副局长。不过，按照组织的安排，阎又文的真实身份仍然没有公开。
1961年，阎又文奉命调至农业部，曾任粮油生产局局长。其时正值全国饥荒，主管粮食生产的阎又文，其压力可想而知。由于他常年在全国各地奔波，终积劳成疾，于1962年9月25日逝世。
