鲁南游击区终被放弃
整个1939年，是鲁苏战区开展游击作战最为辉煌的一年。然而随着第一次反共高潮的出现，鲁苏战区与八路军和新四军的关系开始变得越来越紧张。在鲁南方面，第51军和第57军所属部队不断与八路军发生冲突，甚至还在1941年10月突袭中共鲁南区党委机关驻地银厂村，逮捕党委书记赵镈并予以杀害，制造了“银厂惨案”。
于学忠没能维持与八路军继续合作的同时，他的部队也是内乱不断。先是1940年9月第57军军长缪澄流企图率部投日，事为该军所属第111师爱国官兵侦悉，当即实施兵谏，将缪氏逮捕送交战区总部处理。事后，于学忠虽然将缪澄流保了下来，但第57军的番号还是被军委会撤销，所属第111师和第112师改由战区总部直辖。
在抓缪的“九二二事件”结束不久，第111师内部又因第二次反共高潮而发生动乱。该师部分激进军官发动“二一七事件”，扣押重病在身的师长常恩多，企图将第111师内部的中共分子全部清除。事情发生后，于学忠亲自前往处理平息，但该师内部已经形成两派，终至1942年8月由中共党员万毅率领师主力参加八路军。
另一方面，吴化文指挥的新编第4师和山东省保安第1师受派系影响，不断遭到沈鸿烈、牟中珩等人的歧视，其部队甚至一度断了粮饷。在此情况下，吴化文在早有投日想法的鲁西保安司令宁春霖策动下，于1943年1月率两师之众投日。半年后，在战区素有声望的第112师副师长荣子恒又在其父——伪河北省省长荣臻的策动下投日，致使不少原第57军旧部跟随投敌。吴、荣两人事后分别被汪伪政权任命为山东方面军总司令和第10军军长，他们各自率领所部，利用熟悉鲁南、苏北地形和了解鲁苏战区中国军队内部情况等优势，配合日军进攻鲁苏战区。
在继1939年的“肃正作战”失败后，日军又在1940年至1943年间不断利用情报来袭击鲁苏战区总部和被视为鲁南中坚的第51军，致使于学忠不得不时常率领总部人员转移。在这一系列的游击作战中，鲁苏战区政治部中将主任周复(1943年2月)、副官处少将处长魏凤韶(1943年5月)、党政分会军务处少将处长张庆澍(1942年8月)、胡式禹(1943年2月)、第113师少将参谋长张植桴(1943年2月)、鲁西游击司令朱世勤(1942年5月)等高级将领先后阵亡，第113师副师长韩子乾、副师长潘国屏被日军俘虏。如此种种，都给于学忠苦心经营鲁南游击区造成严重破坏。
为了恢复鲁南游击区的战斗力，军委会曾命李仙洲的第28集团军进入鲁南，但终因鲁苏战区反扫荡失败，局势恶化而放弃。在此情况下，于学忠也自认无法维持鲁南游击区，被迫于1943年7月下达了放弃鲁南、全军向皖北转移的命令。
于学忠决定战区总部于7月初先行转移，到月底再将正规军分三路转移，各保安部队和游击部队则继续在山东境内坚持作战。最终，一、二路艰难突围，第三路被打散。
